Собор был созван папой Мартином V в 1431 года для реформирования церкви, урегулирования военного конфликта с гуситами и воссоединения Западной и Восточной церквей. В действительности собор стал ареной борьбы папы и собора за верховную власть. Ещё до открытия собора Мартин V умер.
Базельский собор проходил в обстановке глубокого упадка папства, вызванного так называемой Западной схизмой, и успехов раннего реформационного движения. На Базельском соборе развернулась борьба с папством сторонников движения, отстаивавшего идею верховенства вселенских соборов над властью пап.
Базельский собор подтвердил решение Констанцского собора (1414—1418) о примате вселенского собора над папой, объявил об отмене ряда поборов в пользу папской курии (в частности, были отменены аннаты), о регулярном созыве провинциальных соборов и свободе церковных выборов.
Папа Евгений IV (1431—1447), не признавший решений Базельского собора, объявил о его роспуске, а в 1438 году созвал в противовес Базельскому собору собор в Ферраре, перенесённый в 1439 году во Флоренцию.
Переход на сторону Евгения IV многих государей Европы, ранее поддерживавших Базельский собор, ослабление престижа собора, покинутого большинством его членов, привели к поражению сторонников соборного движения.
Собор, переведённый в 1448 году в Лозанну, в 1449 году признал нового папу — Николая V (1447—1455) и объявил о своём роспуске. Действия Базельского собора подорвали авторитет католической церкви и подготовили почву для Реформации XVI века.