После смерти отца унаследовал его владения, простиравшиеся от Донау до Бриксентау (Тироль). Своими резиденциями выбрал Крайбург и Грисбах.
В 1236 году вместе со своим дядей Генрихом I — графом фон Ортенбург, и герцогом Баварии Оттоном II вступил в войну против австрийского герцога Фридриха II. Их поддержал император Фридрих II, благодаря чему в 1237 году они одержали победу.
В 1239 году Рапото III вступил в вооружённую борьбу с епископом Регенсбурга Зигфридом за право сбора таможенных платежей в городах Хильгартсберг и Фильсхофен. Попав в плен к епископу, был вынужден уступить ему свои владения в Тироле.
Рапото III умер в 1248 году. С его смертью пресеклась пфальцграфская линия рода Ортенбург. Владения унаследовали дочь с зятем. Титул пфальцграфа Баварии был упразднён.
Жена — Адельгейда фон Цоллерн, дочь бургграфа Конрада фон Цоллерн. Единственный ребёнок:
Friedrich Hausmann: Die Grafen zu Ortenburg und ihre Vorfahren im Mannesstamm, die Spanheimer in Kärnten, Sachsen und Bayern, sowie deren Nebenlinien, erschienen in: Ostbairische Grenzmarken — Passauer Jahrbuch für Geschichte Kunst und Volkskunde, Nr. 36, Passau 1994 (S. 9-62).
Archiv der Grafen zu Ortenburg. Urkunden der Familie und Grafschaft Ortenburg (in Tambach und München) Band 1: 1142—1400 (= Bayerische Archivinventare 42), Neustadt an der Aisch 1984.
Eberhard Graf zu Ortenburg-Tambach: Geschichte des reichsständischen, herzoglichen und gräflichen Gesamthauses Ortenburg — Teil 2: Das gräfliche Haus in Bayern., Vilshofen 1932.
Carl Mehrmann: Geschichte der evangelisch-lutherischen Gemeinde Ortenburg in Niederbayern — Denkschrift zur Jubiläumsfeier der 300jährigen Einführung der Reformation daselbst am 17. und 18. Oktober 1863, Landshut 1863.
