Старейшей частью нынешнего здания является юго-восточный угол, датируемый XII веком[3], не считая двух элементов скульптурной дверной перемычки, которые восходят к IX веку и предположительно относятся к самой первой церкви, основанной святым Юнаном в Рафо. Остальная часть собора представляет собой результат многочисленных перестроек и реконструкций XVII—XIX веков[2]. Первоначальное здание было по форме крестообразным[3].
Фактическое восстановление средневекового собора было начато преподобным Джорджем Монтгомери примерно в 1605 году. Монтгомери был капелланом короля Якова I и был назначен епископом не только Рафо, но и Клохера и Дерри. После столетий модификаций и реставраций бо́льшая часть нынешнего здания датируется 1730-ми годами[2]. Рядом со зданием собора находятся остатки здания консистории и большого епископского дворца[3].
К 1870-м годам здание снова пришло в упадок. Это вызвало критику со стороны многих церковных деятелей, а известный церковный архитектор сэр Томас Дрю описал собор как «самую запущенную церковь в епархии, хоть и расположенную в самой богатой части Донегола». В 1892 году Дрю было поручено составить план реставрации, которая началась в 1893 году; в ходе работ были открыты многие сохранившиеся части средневекового здания, а новые элементы были тщательно стилизованы под средневековье[2]. Реставрация, финансируемая семьей Нокс, включала частичную перестройку, в ходе которой трансепты почти влились в главный неф, образовав длинное узкое по форме здание; было добавлено много витражей и декоративный западный дверной проём[3].
