Антигенный сдвиг отличается от антигенного дрейфа, который представляет собой мутацию известных штаммов вируса гриппа (или других вирусов, в более общем случае), происходит медленно и постепенно, а также приводит к бессилию иммунитета против вируса и к несоответствию имеющейся вакцины и вируса. Дрейф антигенов происходит во всех типах вируса гриппа, включая вирусы гриппа А, B и С. Среди вирусов гриппа антигенный сдвиг имеет место только у вируса гриппа А, в случае этого вируса механизм сдвига обусловлен восемью фрагментами РНК, которые легко перемешиваются при попадании разных штаммов этого вируса в одну клетку. Вирус гриппа А претерпевает антигенный сдвиг довольно часто потому, что он заражает не только человека[2], а и других млекопитающих и птиц, что даёт вирусу гриппа А возможность для глобальных перестроек поверхностных антигенов. Вирусы гриппа В и С поражают преимущественно людей, уменьшая, таким образом, возможность того, что реассортимент вызовет радикальные изменения фенотипа[3].
Антигенный сдвиг имеет важное значение для появления новых вирусных патогенов, поскольку представляет собой путь для вируса по проникновению в новые ниши. Он может иметь место у вирусов приматов и приводить к появлению новых вирусов человека, например, ВИЧ. Из-за структуры своего генома ВИЧ не подвергается реассортименту, но зато этот вирус может свободно рекомбинироваться, и через суперинфекцию может образовывать новые рекомбинантные штаммы, значительно отличающиеся от своих предков.
