Усадьба впервые упоминается в 1440 году Казимиром IV, великим князем литовским, в записке, которая подтверждает передачу Аникщайской усадьбы Радзивиллу Остиковичу[2]. Это также и первое упоминание города Аникщяй в исторических источниках, 1440 год считается датой основания города. Позже усадьба сдавалась в аренду Островичам, Глебовичам и другим дворянским семьям.
Согласно археологическим находкам, современная усадьба Аникщяй датируется 16-18веками. Самые ранние усадебные описи датируются 1773 годом. После восстания 1830 года перешло под прямой контроль Российской империи[2]. В 1864-74 гг. на его территории был построен кирпичный православный храм. В конце XIX веке усадебные постройки пришли в упадок.
В постройках, находившихся на территории усадьбы, с 1806 г. действовала Аникщяйская начальная школа с 1920 года начала работу средняя школа. В этой школе учились и работали будущий классик литовской литературы Антанас Виенуолис-Жукаускас, писатель Йонас Билюнас, профессор археолог Пятрас Тарасенка.
Статус
Здесь есть действующая православная церковь, сохранившиеся школьные здания[3], которые были приспособлены под нужды общества: на них расположены дирекция Аникщяйского регионального парка, художественная мастерская и т. д.. Старые клёны и липы до сих пор напоминают о бывшей усадьбе.