Несколько раз включался светскими властями в списки кандидатур на епископство; 21 января1941 года назначен и 24 февраля рукоположён в сан епископа города Дьёр, крупного диоцеза на другом конце Венгрии. Епископский девиз: Шаблон:Lang-la («Крест укрепляет слабого и смягчает сильного»).
Участвовал в политике; как и другие епископы Венгрии, противостоял попыткам Миклоша Хорти назначить своего сына Иштвана вице-регентом вакантного венгерского престола, тем самым основав протестантскуюдинастию. Выступал против распространения радикальных взглядов. С мая 1942 года по просьбе епископата возглавил основанную несколькими годами ранее Ассоциацию Святого Креста, целью которой являлась защита евреев-христиан от антисемитских преследований. Принимал беженцев-евреев. На 28 марта1945 года был назначен его арест, однако в этот день в Дьёр с боями вошли советские войска.
В резиденции епископа, где имелся большой подвал, укрылись приглашённые им женщины, дети, старики и священники. Вечером 30 марта 1945 года, в Страстную Пятницу, несколько советских солдат заметили одну из девушек и погнались за нею. Выскочившие на её крики епископ и его 17-летний племянник Шандор Палффи пытались остановить их и были расстреляны. 2 апреля 1945 года епископ Вильмош Апор скончался от полученной раны.
