Название получило от исторического района Праги — Мала-Страна или Пражский малый град, расположенный ниже Градчан и соединённый с ядром города Карловым мостом. Место погребения многих известных общественных и культурных деятелей.
Малостранское кладбище интересно исключительным собранием надгробных памятников конца XVIII — первой половины XIX веков, представляющих собой ценные образцы ампирной и классицистической скульптуры работы таких известных мастеров, как В. Прахнер, Игнац Платцер Младший и братья Макс.
Малостранское кладбище возникло в 1680 году возле костела св. Вацлава, возле которого стали хоронить жертв эпидемии чумы. Одним из первых здесь был похоронен епископ, писатель-полемист, историк, представитель барокковой историографии времен КонтрреформацииТомаш Пешина из Чехорода, умерший от заразы.
В 1703 здесь была построена часовня в честь Святого Роха, защитника от чумы и других морных заболеваний, в 1715 — часовня св. Троицы, затем в 1831—1837 — костëл Пресвятой Троицы, построенный в стиле ампир.
После реформ императора Иосифа II, запретившего хоронить умерших от чумы в пределах города, оно стало общим коммунальным кладбищем Малой Стороны и Градчан.
В 1863 значительно расширено, но уже в 1884 году, из-за интенсивной жилищной застройки вокруг, кладбище было закрыто.