«Серро Портеньо» был основан 1 октября 1912 года Сусаной Нуньес и группой молодых людей, желавших играть в футбол. В начале XX века страна была разбита на два лагеря — приверженцев главных партий — Колорадо и Либеральной партии. Символами этих партий были красный и синий цвета соответственно. Эти цвета и выбрали основатели «Серро Портеньо», с целью хотя бы в футболе примирить общество. Впоследствии был добавлен белый цвет трусов, чтобы в цветах клуба полностью сочетались все цвета флага Парагвая. В названии клуба увековечена битва при холме Портеньо (Шаблон:Lang-es) 19 января 1811 года (во время Майской революции), в которой участвовали аргентинцы (которых в Парагвае называют «портеньо», то есть «Живущие у моря, порта») и парагвайская армия. То сражение в значительной мере способствовало независимости Парагвая.
По количеству чемпионских титулов (33) «Серро Портеньо» намного опережает третью команду страны, «Либертад» (20-кратный чемпион), и уступает только «Олимпии» (45), своему самому главному сопернику. Противостояние этих клубов — одно из самых значимых в Южной Америке; оно усугубляется ещё и тем, что «Серро Портеньо» ни разу не доходил до финалов крупнейших международных турниров, в то время как «Олимпия» — один из самых титулованных клубов на континенте. «Серро Портеньо» также 33 раза занимал в чемпионате Парагвая второе место, что является рекордным показателем.
