Франц Шальк родился в Вене, учился в Венской консерватории у Антона Брукнера (гармония и контрапункт), Й. Хельмесбергера (скрипка), Ю. Эпштейна (фортепиано). С 9 лет Шальк пел в церковных хорах. Также он обучался переплетному, столярному и сапожному ремеслам.[2] Служил капельмейстером с 1888 в Рейхенберге, с 1890 по 1895 год — в Оперном театре Граца, с 1895 по 1998 — в Национальном театре в Праге. Дирижировал оперными спектаклями в Лондоне (Ковент-Гарден: 1988, 1907, 1911), Нью-Йорке (Метрополитен-опера: 1988, 1989), Берлине (Королевская опера: 1898—1901). С 1900 года по приглашению Г. Малера сотрудничал с Придворной оперой в Вене, а после отставки Х. Рихтера занял пост первого дирижёра. В 1918 году Шальк был назначен директором театра, после свержения монархии переименованного в Венскую государственную оперу. В 1919 году он разделил этот пост с Рихардом Штраусом. Неясное положение двух директоров закончилось отставкой Штрауса в 1924 году[3] и до 1929 года Шальк руководил Венской оперой единолично.
С 1904 по 1921 год возглавлял Общество друзей музыки в Вене (Венскую филармонию)[4], с 1909 по 1919 преподавал дирижирование в Венской консерватории.
В честь столетнего юбилея Франца Шалька в 1963 году Венский филармонический оркестр учредил награду «Медаль Франца Шалька». Золотая медаль под девизом Achtet mir auf meine Philharmoniker вручается за особые заслуги перед оркестром. В числе удостоенных этого знака отличия директор Венской оперы Йон Холендер[5], мэр Вены Михаэль Хойпль[6] и другие.