Английская Википедия:Abalone (molecular mechanics)
Материал из Онлайн справочника
Перейти к навигацииПерейти к поиску
Шаблон:About Шаблон:Infobox software
Abalone is a general purpose molecular dynamics and molecular graphics program for simulations of bio-molecules in a periodic boundary conditions in explicit (flexible SPC water model[1]) or in implicit water models.[2] Mainly designed to simulate the protein folding and DNA-ligand complexes in AMBER force field.
Key features
- 3D molecular graphics
- Automatic Force Field generator for bioelements: H, C, N, O
- Building and editing chemical structures
- Library of building blocks
- Force fields: Assisted Model Building with Energy Refinement (AMBER) 94, 96, 99SB, 03; Optimized Potentials for Liquid Simulations (OPLS)
- Geometry optimizing
- Molecular dynamics with multiple time step integrator
- Hybrid Monte Carlo
- Replica exchange[3]
- Interface with quantum chemistry - ORCA, NWChem, Firefly (PC GAMESS), CP2K
- GPU accelerated molecular modeling
See also
References
External links
Категории:
- Английская Википедия
- Страницы с неработающими файловыми ссылками
- Monte Carlo software
- Computational chemistry software
- Molecular dynamics software
- Molecular modelling software
- Science software
- Страницы, где используется шаблон "Навигационная таблица/Телепорт"
- Страницы с телепортом
- Википедия
- Статья из Википедии
- Статья из Английской Википедии