Английская Википедия:Comparison of software for molecular mechanics modeling

Материал из Онлайн справочника
Перейти к навигацииПерейти к поиску

Шаблон:Short description

This is a list of computer programs that are predominantly used for molecular mechanics calculations.

Шаблон:Columns-list

Name View 3D Model builder Min MD MC REM QM Imp GPU Comments License Website
ACEMD Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes High Performance molecular dynamic simulation software Proprietary, Free for 1 GPU ACEMD
AMBER[1] Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Some Шаблон:Yes Шаблон:Yes High Performance MD, Comprehensive analysis tools Proprietary, Free open source AMBER MD
Abalone Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Some Шаблон:Yes Шаблон:Yes Biomolecular simulations, protein folding. Шаблон:Proprietary, gratis, commercial Agile Molecule
ADF Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Modeling suite: ReaxFF, UFF, QM-MM with Amber and Tripos force fields, DFT and semi-empirical methods, conformational analysis with RDKit; partly GPU-accelerated Шаблон:Proprietary, commercial, gratis trial SCM
Ascalaph Designer Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Some Шаблон:Yes Шаблон:Yes Molecular building (DNA, proteins, hydrocarbons, nanotubes), molecular dynamics, GPU acceleration Шаблон:Some Ascalaph Project
Avogadro Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Some Шаблон:No Шаблон:No Molecule building, editing (peptides, small molecules, crystals), conformational analysis, 2D/3D conversion; extensible interfaces to other tools Шаблон:Free open source GNU GPL Avogadro
BOSS Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No OPLS Шаблон:Proprietary Yale University
CHARMM Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Some Шаблон:Some Шаблон:Yes Шаблон:Yes Commercial version with multiple graphical front ends is sold by BIOVIA (as CHARMm), formerly Accelrys. Шаблон:Proprietary, commercial charmm.org
CHEMKIN Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Chemical reaction kinetics. Шаблон:Proprietary CHEMKIN
CP2K Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes CP2K can perform atomistic and molecular simulations of solid state, liquid and biological systems. Шаблон:Free open source GNU GPLv2 or later CP2K
Desmond Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes High performance MD; has comprehensive GUI to build, visualize, and review results and calculation setup up and launch Шаблон:Proprietary, commercial or gratis D. E. Shaw Research Schrödinger
Discovery Studio Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Comprehensive life science modeling and simulation suite of applications focused on optimizing drug discovery process: small molecule simulations, QM-MM, pharmacophore modeling, QSAR, protein-ligand docking, protein homology modeling, sequence analysis, protein-protein docking, antibody modeling, etc. Шаблон:Proprietary, trial available Dassault Systèmes BIOVIA
(formerly Accelrys)
fold.it Y / I Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Some Шаблон:No Шаблон:No University of Washington and The Baker Labs; structure prediction, protein folding Шаблон:Proprietary, commercial or gratis fold.it download page Шаблон:Webarchive
FoldX Шаблон:Some Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Energy calculations, protein design Шаблон:Proprietary, commercial or gratis CRG
GROMACS Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No[2] Шаблон:Yes Шаблон:Some Шаблон:Yes[3] Шаблон:Yes High performance MD Шаблон:Free open source GNU GPL gromacs.org
GROMOS Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Intended for biomolecules Шаблон:Proprietary, commercial GROMOS website
LAMMPS Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Some Шаблон:Yes Шаблон:Yes Has potentials for soft and solid-state materials and coarse-grain systems Шаблон:Free open source, GNU GPLv2 Sandia
MacroModel Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Some Шаблон:Yes Шаблон:No OPLS-AA, MMFF, GBSA solvent model, conformational sampling, minimizing, MD. Includes the Maestro GUI which provides visualizing, molecule building, calculation setup, job launch and monitoring, project-level organizing of results, access to a suite of other modelling programs. Шаблон:Proprietary Schrödinger
MAPS[4] Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Building, visualizing, and analysis tools in one user interface, with access to multiple simulation engines Шаблон:Proprietary, trial available Scienomics
Materials Studio Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Environment that brings materials simulation technology to desktop computing, solving key problems in R&D processes Шаблон:Proprietary, trial available Dassault Systèmes BIOVIA
(formerly Accelrys)
MBN Explorer[5] + MBN Studio Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Standard and reactive CHARMM force fields; molecular modeler (carbon nanomaterials, biomolecules, nanocrystals); explicit library of examples Шаблон:Proprietary, free trial available MBN Research Center
MDynaMix Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Parallel MD Шаблон:Free open source GNU GPL Stockholm University
MOE Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Some Шаблон:Yes Шаблон:No Molecular Operating Environment (MOE) Шаблон:Proprietary Chemical Computing Group
ms2 Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No direct on the fly computation of large number of thermophysical properties. Main application of ms2 is on fluids. Шаблон:Free open source ms-2.de
OpenMM Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes High Performance MD, highly flexible, Python scriptable Шаблон:Free open source MIT OpenMM
Orac Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Molecular dynamics simulation program to explore free energy surfaces in biomolecular systems at the atomic level Шаблон:Free open source Orac download page
NAMD + VMD Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Some Шаблон:Yes Шаблон:Yes Fast, parallel MD, CUDA Шаблон:Proprietary, free academic use, source code Beckman Institute
NWChem Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No High-performance computational chemistry software, includes quantum mechanics, molecular dynamics and combined QM-MM methods Шаблон:Free open source, Educational Community License version 2.0 NWChem
Protein Local Optimization Program Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Helix, loop, and side chain optimizing, fast energy minimizing Шаблон:Proprietary PLOP wiki
Q Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No (I) Free energy perturbation (FEP) simulations, (II) empirical valence bond (EVB), calculations of reaction free energies, (III) linear interaction energy (LIE) calculations of receptor-ligand binding affinities Шаблон:Free open source GNU GPLv2 or later Q
QuantumATK Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Complete atomistic modeling platform for material science. It includes DFT (Plane-Wave and LCAO), Semi-empirical, and Force Field simulation engines. Шаблон:Proprietary, commercial Synopsys QuantumATK
SAMSON Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Computational nanoscience (life sciences, materials, etc.). Modular architecture, modules termed SAMSON Elements Шаблон:Proprietary, gratis SAMSON Connect
Scigress Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No MM, DFT, semiempirical methods, parallel MD, conformational analysis, Linear scaling SCF, docking protein-ligand, Batch processing, virtual screening, automated builders (molecular dynamics, proteins, crystals) Шаблон:Proprietary SCIGRESS.com
Spartan Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Small molecule (< 2,000 a.m.u.) MM and QM tools to determine conformation, structure, property, spectra, reactivity, and selectivity. Шаблон:Proprietary, free trial available Wavefunction, Inc.
TeraChem Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes High performance GPU-accelerated ab initio molecular dynamics and TD/DFT software package for very large molecular or even nanoscale systems. Runs on NVIDIA GPUs and 64-bit Linux, has heavily optimized CUDA code. Шаблон:Proprietary, trial licenses available PetaChem LLC
TINKER Шаблон:Some Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Some Шаблон:Some Шаблон:Yes Шаблон:Yes Software tools for molecular design-Tinker-OpenMM[6]

Software tools for molecular design-Tinker-HP[7]

Шаблон:Proprietary, gratis Washington University
UCSF Chimera Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Visually appealing viewer, amino acid rotamers and other building, includes Antechamber and MMTK, Ambertools plugins in development. Шаблон:Proprietary, free academic use University of California
YASARA Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Molecular graphics, modeling, simulation Шаблон:Proprietary YASARA.org

See also

Notes and references

Шаблон:Reflist

External links

Шаблон:Computer simulation

Партнерские ресурсы
Криптовалюты
Магазины
Хостинг
Разное

  1. ↑ Шаблон:Cite web
  2. ↑ Шаблон:Cite journal
  3. ↑ Implicit Solvent – Gromacs Шаблон:Webarchive
  4. ↑ Шаблон:Cite web
  5. ↑ Шаблон:Cite journal
  6. ↑ Шаблон:Cite journal
  7. ↑ Шаблон:Cite journal
Источник — http://wikihandbk.com/ruwiki/index.php?title=Английская_Википедия:Comparison_of_software_for_molecular_mechanics_modeling&oldid=14038214