DNase-seq (DNase I hypersensitive sites sequencing) is a method in molecular biology used to identify the location of regulatory regions, based on the genome-wide sequencing of regions sensitive to cleavage by DNase I.[1][2][3] FAIRE-Seq is a successor of DNase-seq for the genome-wide identification of accessible DNA regions in the genome. Both the protocols for identifying open chromatin regions have biases depending on underlying nucleosome structure. For example, FAIRE-seq provides higher tag counts at non-promoter regions.[4] On the other hand, DNase-seq signal is higher at promoter regions, and DNase-seq has been shown to have better sensitivity than FAIRE-seq even at non-promoter regions.[4]
DNase-seq requires some downstream bioinformatics analyses in order to provide genome-wide DNA footprints. The computational tools proposed can be categorized in two classes: segmentation-based and site-centric approaches. Segmentation-based methods are based on the application of Hidden Markov models or sliding window methods to segment the genome into open/closed chromatin region. Examples of such methods are: HINT,[5] Boyle method[6] and Neph method.[7] Site-centric methods, on the other hand, find footprints given the open chromatin profile around motif-predicted binding sites, i.e., regulatory regions predicted using DNA-protein sequence information (encoded in structures such as Position weight matrix). Examples of these methods are CENTIPEDE[8] and Cuellar-Partida method.[9]
References
Шаблон:Reflist
External links
| Партнерские ресурсы |
|---|
| Криптовалюты |
|
|---|
| Магазины |
|
|---|
| Хостинг |
|
|---|
| Разное |
- Викиум - Онлайн-тренажер для мозга
- Like Центр - Центр поддержки и развития предпринимательства.
- Gamersbay - лучший магазин по бустингу для World of Warcraft.
- Ноотропы OmniMind N°1 - Усиливает мозговую активность. Повышает мотивацию. Улучшает память.
- Санкт-Петербургская школа телевидения - это федеральная сеть образовательных центров, которая имеет филиалы в 37 городах России.
- Lingualeo.com — интерактивный онлайн-сервис для изучения и практики английского языка в увлекательной игровой форме.
- Junyschool (Джунискул) – международная школа программирования и дизайна для детей и подростков от 5 до 17 лет, где ученики осваивают компьютерную грамотность, развивают алгоритмическое и креативное мышление, изучают основы программирования и компьютерной графики, создают собственные проекты: игры, сайты, программы, приложения, анимации, 3D-модели, монтируют видео.
- Умназия - Интерактивные онлайн-курсы и тренажеры для развития мышления детей 6-13 лет
- SkillBox - это один из лидеров российского рынка онлайн-образования. Среди партнеров Skillbox ведущий разработчик сервисного дизайна AIC, медиа-компания Yoola, первое и самое крупное русскоязычное аналитическое агентство Tagline, онлайн-школа дизайна и иллюстрации Bang! Bang! Education, оператор PR-рынка PACO, студия рисования Draw&Go, агентство performance-маркетинга Ingate, scrum-студия Sibirix, имидж-лаборатория Персона.
- «Нетология» — это университет по подготовке и дополнительному обучению специалистов в области интернет-маркетинга, управления проектами и продуктами, дизайна, Data Science и разработки. В рамках Нетологии студенты получают ценные теоретические знания от лучших экспертов Рунета, выполняют практические задания на отработку полученных навыков, общаются с экспертами и единомышленниками. Познакомиться со всеми продуктами подробнее можно на сайте https://netology.ru, линейка курсов и профессий постоянно обновляется.
- StudyBay Brazil – это онлайн биржа для португалоговорящих студентов и авторов! Студент получает уникальную работу любого уровня сложности и больше свободного времени, в то время как у автора появляется дополнительный заработок и бесценный опыт.
- Автор24 — самая большая в России площадка по написанию учебных работ: контрольные и курсовые работы, дипломы, рефераты, решение задач, отчеты по практике, а так же любой другой вид работы. Сервис сотрудничает с более 70 000 авторов. Более 1 000 000 работ уже выполнено.
- StudyBay – это онлайн биржа для англоязычных студентов и авторов! Студент получает уникальную работу любого уровня сложности и больше свободного времени, в то время как у автора появляется дополнительный заработок и бесценный опыт.
|
|---|
