Шаблон:Short description
Шаблон:Infobox software
geWorkbench[1] (genomics Workbench) is an open-source software platform for integrated genomic data analysis. It is a desktop application written in the programming language Java. geWorkbench uses a component architecture. Шаблон:As of, there are more than 70 plug-ins[2] available, providing for the visualization and analysis of gene expression, sequence, and structure data.
geWorkbench is the Bioinformatics platform of MAGNet,[3] the National Center for the Multi-scale Analysis of Genomic and Cellular Networks, one of the 8 National Centers for Biomedical Computing[4] funded through the NIH Roadmap (NIH Common Fund[5]). Many systems and structure biology tools developed by MAGNet investigators are available as geWorkbench plugins.
Features
- Computational analysis tools such as t-test, hierarchical clustering, self-organizing maps, regulatory network reconstruction, BLAST searches, pattern-motif discovery, protein structure prediction, structure-based protein annotation, etc.
- Visualization of gene expression (heatmaps, volcano plot), molecular interaction networks (through Cytoscape), protein sequence and protein structure data (e.g., MarkUs).
- Integration of gene and pathway annotation information from curated sources as well as through Gene Ontology enrichment analysis.
- Component integration through platform management of inputs and outputs. Among data that can be shared between components are expression datasets, interaction networks, sample and marker (gene) sets and sequences.
- Dataset history tracking - complete record of data sets used and input settings.
- Integration with 3rd party tools such as Genepattern, Cytoscape, and Genomespace.
Demonstrations of each feature described can be found atGeWorkbench-web Tutorials.
Versions
- geWorkbench is open-source software that can be downloaded and installed locally. A zip file of the released version Java source is also available.
- Prepackaged installer versions also exist[6] for Windows, Macintosh, and Linux.
See also
References
Шаблон:Reflist
External links
Партнерские ресурсы |
---|
Криптовалюты |
|
---|
Магазины |
|
---|
Хостинг |
|
---|
Разное |
- Викиум - Онлайн-тренажер для мозга
- Like Центр - Центр поддержки и развития предпринимательства.
- Gamersbay - лучший магазин по бустингу для World of Warcraft.
- Ноотропы OmniMind N°1 - Усиливает мозговую активность. Повышает мотивацию. Улучшает память.
- Санкт-Петербургская школа телевидения - это федеральная сеть образовательных центров, которая имеет филиалы в 37 городах России.
- Lingualeo.com — интерактивный онлайн-сервис для изучения и практики английского языка в увлекательной игровой форме.
- Junyschool (Джунискул) – международная школа программирования и дизайна для детей и подростков от 5 до 17 лет, где ученики осваивают компьютерную грамотность, развивают алгоритмическое и креативное мышление, изучают основы программирования и компьютерной графики, создают собственные проекты: игры, сайты, программы, приложения, анимации, 3D-модели, монтируют видео.
- Умназия - Интерактивные онлайн-курсы и тренажеры для развития мышления детей 6-13 лет
- SkillBox - это один из лидеров российского рынка онлайн-образования. Среди партнеров Skillbox ведущий разработчик сервисного дизайна AIC, медиа-компания Yoola, первое и самое крупное русскоязычное аналитическое агентство Tagline, онлайн-школа дизайна и иллюстрации Bang! Bang! Education, оператор PR-рынка PACO, студия рисования Draw&Go, агентство performance-маркетинга Ingate, scrum-студия Sibirix, имидж-лаборатория Персона.
- «Нетология» — это университет по подготовке и дополнительному обучению специалистов в области интернет-маркетинга, управления проектами и продуктами, дизайна, Data Science и разработки. В рамках Нетологии студенты получают ценные теоретические знания от лучших экспертов Рунета, выполняют практические задания на отработку полученных навыков, общаются с экспертами и единомышленниками. Познакомиться со всеми продуктами подробнее можно на сайте https://netology.ru, линейка курсов и профессий постоянно обновляется.
- StudyBay Brazil – это онлайн биржа для португалоговорящих студентов и авторов! Студент получает уникальную работу любого уровня сложности и больше свободного времени, в то время как у автора появляется дополнительный заработок и бесценный опыт.
- Автор24 — самая большая в России площадка по написанию учебных работ: контрольные и курсовые работы, дипломы, рефераты, решение задач, отчеты по практике, а так же любой другой вид работы. Сервис сотрудничает с более 70 000 авторов. Более 1 000 000 работ уже выполнено.
- StudyBay – это онлайн биржа для англоязычных студентов и авторов! Студент получает уникальную работу любого уровня сложности и больше свободного времени, в то время как у автора появляется дополнительный заработок и бесценный опыт.
|
---|