Русская Википедия:Алгоритм Смита — Ватермана

Материал из Онлайн справочника
Перейти к навигацииПерейти к поиску

Алгоритм Смита — Ватермана предназначен для получения локального выравнивания последовательностей, то есть для выявления сходных участков двух нуклеотидных или белковых последовательностей. В отличие от алгоритма Нидлмана — Вунша, который осуществляет выравнивание последовательностей по всей длине, алгоритм Смита — Ватермана сравнивает отрезки всех возможных длин и оптимизирует меру сходства по всем отрезкам и всем выравниваниям этих отрезков.

Алгоритм был предложен Шаблон:Нп1 и Шаблон:Нп1 в 1981[1]. Подобно алгоритму Нидлмана — Вунша, алгоритм Смита — Ватермана использует принцип динамического программирования. Он гарантирует нахождение оптимального, относительно используемой им меры оценки качества, локального выравнивания. Эта мера оценки — так называемый вес, или счёт (Score) выравнивания, предусматривающий использование Шаблон:Нп1 и Шаблон:Нп1 (то есть вставки и делеции).

Примечания

Шаблон:Примечания

Шаблон:Строки

Внешние ссылки

Шаблон:Выбор языка Шаблон:Перевести