Музей был основан в 1979 году согласно решению Министерства культуры РСФСР[1]. Открыт для посетителей 1 июня 1983 года[2]. Первыми экспонатами музея стали постройки, попадавшие в зону затопления Братской, Усть-Илимской и Богучанской ГЭС[3].
Русский сектор представлен многочисленными деревянными постройками XIX — начала XX веков, привезёнными в музей из различных деревень севера Иркутской области. Памятники, включающие 4 крестьянских усадьбы с жилыми и хозяйственными постройками, планировочно сгруппированы в виде старожильческой сибирской деревни. Старейшим памятником музея является башня Братского острога, построенная в 1654 году. Культовые сооружения представлены Михайло-Архангельской церковью 1875 года постройки из деревни Нижнекарелина Киренского района[1].
В эвенкийском секторе экспонируются традиционные постройки этого народа — жилые, хозяйственные и культовые[2]. Постройки этого сектора являются, в основном, не оригинальными памятниками, а реконструкциями[1].
Планируется создание археологического сектора, который пока представлен одним диабазовым блоком с изображением эпохи неолита[4].