В XV веке Бадахшан находился в составе Империи Тимуридов. В XVI веке на эту территорию начали претендовать представители узбекской династии Шейбанидов. Дальнейшая борьба Шейбанидов с потомками Тимура проходила здесь с переменным успехом. Бадахшан окончательно был отвоёван от последних Абдулла-ханом II (1583—1598)Шаблон:Sfn.
Бадахшан под властью узбекских правителей
В 1584 году Абдаллах-хан II смог завладеть лишь западной частью Бадахшана. Вновь приобретённая территория была включена в удел Абдалмумин-султана. Однако восточная часть Бадахшана по-прежнему принадлежала Сулайман-шаху и его потомкам.
С конца 1650-х годов в течение 230 лет Бадахшаном управляли представители узбекской династии Яридов, основателем которой был Ярбек-хан Самарканди (1658—1706). Согласно данным академика В. В. Бартольда, над территорией властвовали представители узбекских династий «до завоевания всех узбекских владений к югу от Амудадарьи афганцами». Ярбек был выдвинут эмиром в 1657—1658 годах в противовес власти катаганских узбеков. Ярбеком и его потомками признавалась формально верховная власть узбекских правителей Балхского и Бухарского ханствШаблон:Sfn.
В первой половине XVIII века происходили несколько боёв между Яридами и катаганскими узбекамиШаблон:Sfn.
