Район расположения заповедника является местом гнездования и массового сосредоточения при пролетах водоплавающих и редких птиц.
Основная задача заповедника — осуществление охраны природных территорий в целях сохранения биологического разнообразия и поддержания в естественном состоянии охраняемых природных комплексов и объектов.
Преобладающий тип растительного покрова заповедника — болота, занимающие 87 % территории. Можно наблюдать приблизительно 250 видов птиц, около 160 видов из которых гнездятся, общее число редких видов — более 35. Совместные исследования и изучение со специалистами из института биомедицины хищных птиц Японии. Место гнездования и остановки во время пролёта крупных скоплений птиц. В период весеннего и осеннего перелетов здесь останавливается на отдых и кормёжку от 0,8 до 1,2 миллиона особей птиц различных видов. Начато изучение насекомых; пока с территории заповедника известно более 600 видов чешуекрылых; другие насекомые изучены хуже. На территории произрастают редкие виды водных растений, занесенные в Красную книгу РФ — бразения Шребера, ирис мечевидный, водяной орех, а также регионально редкие виды растений.
Распоряжением Минприроды России ФГБУ "Государственный природный заповедник "Болоньский" реорганизован в филиал Федерального государственного бюджетного учреждения "Объединенная дирекция государственных природных заповедников и национальных парков Хабаровского края" - ФГБУ "Заповедное Приамурье".
