Родился в Утрехте, брат Андриса Бота. По словам Хоубракена, братья научились рисовать у своего отца, который был художником по стеклу. Позже Ян был учеником Абрахама Блумарта. Ещё позже братья вместе отправились в Рим через Францию, когда ему было двадцать лет, путешествовали по Франции и Италии. Два года они жили вместе в доме в Риме. В 1638 году Ян и его брат находились в Риме, где Ян работал над пейзажами в стиле Клода Лоррена. В 1639 году Ян сотрудничал с Германом ван Суаневелем и Клодом Лорренем в проекте для дворца Буэна Ретиро в Мадриде. В 1646 году художник вернулся в Утрехт, где продолжал работать над пейзажами, усовершенствуя их.
Его картины представляют собой композиции с изображением романтизированного преимущественно итальянского пейзажа, иногда с фигурами крестьян, пастухов, путников. Отличительной чертой является золотистый колорит — можно сказать, что с творчеством Яна Бота в голландскую пейзажную живопись вошел солнечный свет. Оказал влияние на Яна Баптиста Веникса и Альберта Кейпа, которые вслед за ним также стали «певцами солнечного света».
