В 1934 году из-за несоблюдения инструкций апостольской нунциатуры Карлош Дуарте Коста был лишён кафедры. В июле 1945 года он был отлучён от церкви за критику Святого Престола в бразильских СМИ, в которых он утверждал, что Ватикан во время II Мировой войны поддерживал нацистов. Он также призывал отменить нерасторжимость брака, целибат и выступал за избрание епископа верующими.
18 августа1945 года Карлош Дуарте Коста объявил о создании Бразильской католической апостольской церкви. В 1949 году бразильские власти закрыли все приходы этой Бразильской католической апостольской церкви, однако вскоре Карлош Дуарте Коста снова открыл приходы, в которых ввёл новые богослужебные практики, отличные от Римско-Католической церкви, обязал священников использовать серые внелитургические одеяния. Он также разрешил разводы и отменил целибат.
15 августа1945 года Карлош Дуарте Коста рукоположил нового епископа Саламана Барбоса Ферраша и 3 мая1948 года — священника из Венесуэлы Луиса Фернандо Кастилло Мендезу. Эти епископы стали основывать общины Бразильской католической апостольской церкви в других странах Латинской Америки.
В 1958 году епископ Саламан Барбоса Мендеш вернулся в Римско-Католическую церковь и был принят в сущем сане епископа без назначения на кафедру.
После смерти в 1961 году Карлоша Дуарте Косты руководство церковью взял на себя Луис Фернандо Кастилло Мендеза. В 1988 году он объявил себя патриархом.
Структура
В настоящее время Бразильская католическая апостольская церковь состоит из 48 епархий.