Станция функционирует с 1856 года. С 1870 года использовалась исключительно для грузовых перевозок. Однако после 2010 года во время реконструкции станции Брно-Главный и прилегающих к ней линий станция Брно-Нижний несколько раз использовалась для приема пассажирских поездов, которые перенаправлялись сюда из-за длительного закрытия движения по станции Брно-Главный. Для этой цели на станции были построена временная пассажирская боковая платформа.
С весны 2018 года произошла дальнейшая модернизация станции Брно-Нижний. Была добавлена новая островная платформа, к которой Управление железных дорог Чешской республики построило подземный переход. Также был создан временный зал ожидания с билетной кассой. С тех пор станция Брно-Нижний служит резервной станцией для пассажирских поездов на случай возникновения проблем на Главном вокзале[2].
Именно на место станции Брно-Нижний планируется перенести станцию Брно-Главный и, соответственно, сделать Брно-Нижний главным железнодорожным вокзалом города Брно[3]. Однако идея эта встретила неприятие большинства жителей Брно, главным образом из-за удаленности станции от центра города и отсутствием удобного городского транспорта в районе станции, ранее предназначенной исключительно для грузовой работы. На референдумах 2004 и 2016 гг. подавляющее большинство проголосовавших (85 и 80 процентов соответственно) высказались против переноса главной станции Брно на место станции Брно-Нижний. Однако оба референдума были признаны несостоявшимися из-за недостаточной явки избирателей, поэтому вопрос о переносе станции Брно-Главный остается открытым.
