Гиркан был старшим сыном Александра Янная, царя и первосвященника, и Александры Саломеи. Видимо, был усыновлён Александром Яннаем, ибо родился, когда его мать была замужем за Аристобулом I, очевидно, настоящим отцом Гиркана. После смерти Александра Янная в 76 г. до н. э., его вдова стала царицей Иудеи и назначила своего старшего сына Гиркана первосвященником. У Александра Янная были многочисленные конфликты с фарисеями, которые затем поддерживали Саломею и Гиркана, а их соперники саддукеи — Аристобула, младшего брата Гиркана.
Когда Саломея умерла в 67 г. до н. э., она назвала Гиркана своим преемником на царство. Но начало правления Гиркана II в 67 г. до н. э. было осложнено междоусобной борьбой с братом Аристобулом II, кульминацией которой стала сражение при Иерихоне.
Гиркан был пленён и ему были повреждены уши, чтоб он больше не мог, согласно Иудейскому закону, быть первосвященником. Он некоторое время жил в Вавилоне, где был почитаем местными евреями. Тем временем, римляне объявили царём Ирода, и помогали ему прийти к власти.
После воцарения Ирода вернулся в Иудею. Однако ему не удалось почить с миром. Его дочь Александра, возмущённая воцарением Ирода, настраивала своего отца на решительные действия и уговорила его вступить в тайные переговоры с набатейцами. Ирод заговор раскрыл, а Гиркана казнил. Когда он умер ему было за 70 лет (по словам Иосифа Флавия 80 лет).
