Имеется две версии происхождения от одного родоначальника:
От мурзыЧета, выехавшего из Золотой Орды в Москву[2] (около 1330), принявшего крещение с именем Захария и выстроившего в КостромеИпатьевский монастырь, где и похоронен[3]. Его сын Александр Захарьевич и родоначальник 2-й ветви внук Дмитрий Александрович Годунов по прозванию Зерно похоронен там же.
От боярина Дмитрия Зерно, служившего великому московскому князю Ивану Даниловичу Калите (1288—1340) и похоронен вместе с отцом и братом в Костромском Ипатьевском монастыре. В данном монастыре похоронены Иван, Константин по прозванию Шея и Дмитрий Дмитриевичи Зерновы-Годуновы.
Иван Иванович († 1610) — воевода, попавшись в плен самозванцу, он сброшен в Калуге с башни (1610), но остался жив, брошенный в реку, он ухватился за лодку, но приверженец самозванца Михаил Бутурлин отсек ему руку, и Иван Иванович потонул на глазах своей жены.
Семен Никитич († 1605) — боярин и воевода, пособлял царю Борису в обвинении Романовых за их, будто бы, злоумышления на жизнь государя (1600), ездил в Астрахань и обязал ногайского князя Иштерека верно служить России (1604).
Степан Васильевич († 1603) — боярин (1584), воевода в Феллине (1573), в чине окольничего, ходил с Иваном Грозным в Ливонию (1576), с князем Ф. M. Троекуровым и дьяком Щелкаловым отправлен на сейм в Варшаву (1586), где должен был отстаивать интересы царя Фёдора Ивановича, как одного из намеченных польской Радой претендентов в польские короли, вместе с кн. Мстиславским, Трубецкими и братом Иваном послан в Финляндию, где русские войска выжгли несколько селений и городов и захватили несколько тысяч пленных (1592).
Степан Степанович († 1614) — сын Степана Васильевича Годунова, после смерти царя Бориса Годунова и вступления на царский трон Лжедмитрия попал в опалу, был лишен чина и сослан на воеводство в Верхотурье (1605), женат на дочери боярина князя Дмитрия Ивановича Хворостинина, от брака с которой не имел детей.
Карамзин Н. М.История государства российского (по изд. Эйнерлинга). Т. X, 13, 15, 76, 88. пр. 26, пр. 315; пр. 160; 418, — XI, пр. 11; IX, пр. 554, — Х, пр. 315; XI, пр. 25, 70 и 345.
Родосл. «Русск. старины», II, № 63, № 65.
Диев М. Я. Описание Ипатьевского монастыря, 22, 23.
Платонов С.Ф. Древнерусские сказания и повести о смутном времени XVII века. СПб., 1913. С. 267
↑Существование мурзы Чета отвергается современными исследоваиелями. См.: Козляков В. Н. Борис Годунов: Трагедия о добром царе. — М.: «Молодая гвардия», 2011. С. 37-43.
↑Н. Новиков. Родословная книга князей и дворян Российских и выезжих (Бархатная книга). В 2-х частях. Часть I. Тип: Университетская тип. 1787 г. Род Сабуровых и Годуновых. стр. 240; и 246—249.
↑Сост: А. В. Антонов. Родословные росписи конца XVII века. — Изд. М.: Рос.гос.арх.древ.актов. Археогр. центр. Вып.6. 1996 г. Годуновы. стр. 128. ISBN 5-011-86169-1 (Т.6). ISBN 5-028-86169-6.
↑Сост. А.В. Антонов. Памятники истории русского служилого сословия. - М.: Древлехранилище. 2011г. Рец. Ю.В. Анхимюк. Ю.М. Эскин. Род Сабуровых и Годуновых. Глава № 16. стр. 76-80. ISBN 978-5-93646-176-7. //РГАДА.Ф.201. (Собрание М.А. Оболенского). Оп. 1. Д. 83.
