В 1640 году епископ Педро Барбоса де Эза был вынужден покинуть Лейрию из-за войны за независимость. Найдя убежище в Кастилии, он скончался там через семь лет. Последующие епископы Лейрии назначались Жуаном IV и Филиппом IV без согласия Святого Престола, потому кафедра епархии долгое время была вакантна. В 1672 году была открыта епархиальная семинария.
В 1807 году после французского вторжения многие церковные здания епархии Лейрии были значительно повреждены, разрушены и подверглись разграблению. В 1834 году после указа министра Жоакима Антониу де Агилара, проводившего антицерковную политику, монастыри, находившиеся на территории епархии, были закрыты. В 1850 году им также была закрыта семинария.
Между 13 мая и 13 октября 1917 года в городе Фатима, который находится на территории упразднённой епархии Лейрии, произошли явления Пресвятой Богородицы детям Жасинте и Франсишку Марту. Учитывая важность этих событий, Римский папа Бенедикт XV17 января1918 года издал буллу Quo vehementius, которой воссоздал епархию Лейрии.
13 мая1984 года Римский папа Иоанн Павел II выпустил буллу Qua pietate, которой переименовал епархию Лейрии в епархию Лейрия-Фатимы, причислив её к патриархату Лиссабона.
Источник
Annuario Pontificio, Libreria Editrice Vaticana, Città del Vaticano, 2003, ISBN 88-209-7422-3
