С преемником своего тестя Франциском II находился в не самых лучших отношениях: тот несколько раз объявлял о конфискации владений Жана II де Рогана (которые занимали пятую часть герцогства), а с 1479 по 1482 год продержал его в заключении по обвинению в соучастии в убийстве.
После смерти Франциска II Жан II де Роган вступил в союз с королём Карлом VIII и захватил часть бретонских владений.
В августе 1488 г. участвовал в осаде и взятии Динана. После этого управлял городом в качестве королевского капитана и с 1490 г. получал доходы от шателении Динан. Однако ему не удалось сделать эту должность пожизненной: вскоре после его смерти, в июне 1518 г., король назначил правителем Динана Пьера де Лаваля, сеньора де Монтафилана (Pierre de Laval, seigneur de Montafilant).
К 1510 году полностью восстановил замок Жослен (Château de Josselin), разрушенный Франциском II в 1488 году.
Жан II де Роган вместе с принцем Оранским Жаном де Шалоном считался наследником герцогини Анны Бретонской до рождения её первого ребёнка.
Дети:
Жак де Роган (ум. 1527), виконт де Роган, граф де Пороэт, сеньор де Леон.
Клод де Роган (ум. 1540), епископ Корнуайля (Кемпера) (с 1501), в 1527 г. претендент на виконтство Роган.
Анна де Роган, унаследовала виконтство Роган в 1527 г. С 1517 г. жена Пьера де Рогана, сеньора де Фронтене, сына маршала Франции Пьера де Рогана, сеньора де Жье.
Мария де Роган (ум. 09.06.1542), жена Луи IV де Рогана, сеньора де Гемене и де Монбазон.
Умер в замке Блен в 1516 году (по некоторым данным - 1 апреля).[1]
