Митрополит Гавриил, отправляя в 1782 году в Валаамский монастырь, для восстановления его, иеромонаха Саровской пустыни Назария Кондратьева, дал ему в помощники и казначеи отца Иннокентия, тогда же посвятив его в иеромонаха. Столько же строгий аскет, сколько человек весьма практичный и трудолюбивый, он очень помог отцу Назарию в восстановлении монастыря[1].
13 июля 1801 года Иннокентий Моруев был назначен преемником Назария, удалившегося на покой. Двадцатидвухлетнее управление монастырем отца Иннокентия навсегда останется заметною страницей в истории Валаама. При нем получило завершение внешнее восстановление монастыря, которое только начато было отцом Назарием, всецело посвятившим себя установлению внутреннего благоустройства в монастыре. Воздвигнут почти весь так называемый внешний монастырский четырехугольник, в который входят две церкви, монастырские врата, больница; устроены два монастырских подворья — в Сердоболе и в Петербурге, сооружена серебряная рака валаамских чудотворцев[1].
Российский император Александр I Павлович, посетивший Валаам в 1819 году, пожертвовал в монастырь драгоценную ризницу, повелел внести дни памяти и перенесения мощей валаамских чудотворцев во все печатные месяцесловы, возвел обитель в 1-й класс и предполагал возвести настоятелей её в сан архимандрита, но Иннокентий упросил оставить в монастыре игуменство. Тогда Государь пожаловал в преемственное ношение валаамским настоятелям бриллиантовый наперсный крест[1].
В 1823 году отец Иннокентий по болезни отпросился на покой[2]. Во время своего пребывания на покое он не покидал Валаам, и даже способствовал восстановлению Ондрусовской и Сяндемскойпустыней, где были воздвигнуты храмы и келии[1].
Иннокентий Моруев умер 22 сентября (4 октября) 1828 года[1] в городе Петрозаводске, куда заезжал по делам монастыря и был погребен на старом братском кладбище Валаамского монастыря[3].
