Главной святыней Исоноками является драгоценный меч Фуцу-но-митама, ками этого святилища[2][1]. По мнению некоторых синтоистских теологов, в данном случае речь идёт о митама (духе) всей Японии, обитающем в Исоноками. Согласно преданиям, это легендарный меч Тоцука-но-Цуруги, которым Сусаноо сразил дракона Ямата-но-Ороти, и помог легендарному императору Дзимму подчинить Японию. Меч был найден в императорском дворце при императоре Судзине и в 93 году до н. э. передан им в храм Исоноками.
Во внутренней части святилища хранится большое собрание холодного оружия, так как храм одновременно служил арсеналом[1]. Одной из особенных реликвий этого собрания является Нанацусая-но-тати, меч с 7 лезвиями[1], изготовленный в 369 году[2]. Согласно преданию, здесь также хранятся 1000 мечей, пожертвованных императором Суйнином[1]. До реставрации Мэйдзи священнический сан в Исоноками передавался по наследству.
Святилище упоминается уже в «Энгисики». С 1871 по 1946 год святилище было официально причислено к Шаблон:Нихонго — высшей категории поддерживаемых государством святилищ[1].
Согласно верованиям синтоистов, чистота ками в Исоноками обладает исцеляющей силой, и священнослужители храма являются создателями особых психосоматических упражнений, включающих в себя технику дыхания, молитвы, определённые движения тела и т. д.Шаблон:Нет АИ 2
