Основан в 1908 году на базе собрания предметов искусства и культуры, принадлежавших копту Маркусу Симайке, с благословения патриархаКирилла V. Музей открылся для посещения в 1910 году и поначалу развивался под эгидой коптской патриархии. В 1939 году для музея было выстроено новое здание, которое было впоследствии расширено. В настоящее время площадь территории музея составляет более 8 тыс. м.кв.
Экспонатом коптского искусства служит уже само его здание: двери, балкон, оконные решетки, дверные и оконные запоры взяты из старых коптских домов и церквей.
В 29 залах музея представлены экспонаты, относящиеся к эпохе расцвета коптской церкви — период приблизительно с III по XI век.[1]
В первых залах музея находятся раскрашенные капители и деревянные панели с библейскими сценами. Один из самых редких экспонатов — показательное сочетание языческой и христианской традиций, капитель, на которой вырезаны кресты и присутствует декоративная перевязка «в шашечку», а в углах — резные изображения бога Гора.[1]
В других залах музея выставлены шпалеры, датируемые III веком и позже; такие шпалеры ткали в основном женщины, на них изображены люди и животные, сплетающиеся в затейливые узоры.[1]
В старом крыле музея демонстрируется одно из древнейших египетских изображений распятия.[1]
