Вместе со своими братьями Луи (род. 1819) и Стефаном (род. 1820), Франсуа в 1846 году возглавил семейный бизнес — химический завод в Лионе. В 1847 году он построил несколько бетонных домов из литого цемента, не армированного железом.
В 1850 году Куанье женился на Клариссе Куанье (французский философ, педагог и историк) и через год они поселились в Сен-Дени — коммуне недалеко от Парижа. Здесь он в 1852 году открыл второй завод и получил патент на производство цементного клинкера. Позже Франсуа Куанье получил в Англии патент под названием «Emploi de Béton», в котором подробно рассказывалось о его методах строительства.
Куанье начал экспериментировать с армированным железом бетоном в 1852 году, став первым строителем, использовавшим его в качестве строительного материала[2]. В 1853 году он построил первую в мире железобетонную конструкцию — четырёхэтажный дом в Сен-Дени на улице Шарля Мишеля, 72, который был спроектирован местным архитектором Теодором Лачезом (Théodore Lachez).
Франсуа Куанье участвовал во Всемирной выставке в Париже 1855 года, где продемонстрировал свою технику работы с железобетоном. На выставке он сообщил, что железобетонные конструкции заменят камень в качестве средства строительства. В 1856 году он запатентовал технику армирования бетона с использованием металлической арматуры. В 1861 году он опубликовал свои методы и технологию работы с железобетоном.
Одним из крупнейших проектов Куанье был 140-километровый Шаблон:Iw[3] для водоснабжения Парижа с более чем Шаблон:S арок с пролётами более 30 метров в высоту, который был сооружён в 1867—1874 годах. Также он построил маяк Порт-Саида, высокие подпорные стены кладбища Пасси в Париже[4].