В 1849—1850 годах в чине лейтенанта командовал бригом «Меркурий». В период начала Крымской войны и обороны Севастополя служил на линейном корабле «Париж». Участник Синопского сражения. Высочайшим приказом от 18 декабря 1853 года произведен в капитан-лейтенанты: лейтенант 35-го флотского экипажа, старший офицер линейного корабля «Париж» Н. П. Макухин.
Затем с 1855 года участник обороны Кронштадта.
Капитан-лейтенант Макухин Николай Павлович 26 ноября 1856 был награждён орденом Святого Георгия IV класса; № 9975[2].
В 1872 году - капитан 1-го ранга в Черноморском флотском экипаже. В 1877—1885 годах был помощником начальника севастопольского порта. Его севастопольский адрес: Петропавловская, 10.
Жена Наталья Егоровна Макухина, урождённая Калантаева (Колонтаева) (1823? — 1900) — художница, академик портретной живописи[3].
В письме М. П. Мусоргского, 1879 года, бывшего проездом в Севастополе, отмечалось: «семья эта культурная». В январе 1887 года в доме Макухина была открыта Крымская музыкальная школа, уроки пения в ней давала «бывшая ученица московской консерватории Е. К. Гаркуша».
↑Военный орден Святого Великомученика и Победоносца Георгия. Именные списки 1769—1920. Биобиблиографический справочник / Отв. составитель В. М. Шабанов. — М.: Русский міръ, 2004. — 928 с. — ISBN 5-89577-059-2.
↑Сборник материалов для истории Имп. С.-Петербургской академии художеств за сто лет её существования / Изд. под ред. П. Н. Петрова и с его примеч. [Ч. 3]. — Санкт-Петербург, 1866. — С. 280.