Когда Марии Амалии было 9 лет, её отец скончался от оспы, и ему наследовал на престоле его брат Карл VI. Карл проигнорировал указ его отца, Леопольда I, дававший Марии Амалии и её старшей сестре места в линии наследования как дочерям старшего сына Леопольда, а вместо него издал в 1713 году Прагматическую санкцию, в соответствии с которой наследником престола становилась его дочь Мария Терезия. Выведенным из линии наследования эрцгерцогиням запрещалось выходить замуж до тех пор, пока они не откажутся от прав на австрийский престол.
Мария Амалия была предложена в жёны пьемонтскому князю Виктору Амадею, который был наследником престолов Сицилийского королевства и Савойского герцогства. Этот брак должен был укрепить отношения между австрийским и савойским дворами, однако предложение было проигнорировано отцом Виктора Амадея, герцогом Виктором-Амадеем II.
Брак и дети
Признав Прагматическую санкцию, 5 октября 1722 года Мария Амалия вышла замуж в Мюнхене за будущего баварского курфюрста Карла Альбрехта, который в 1741 году стал королём Богемии, а в 1742 году — императором Священной Римской империи. У них было семеро детей:
Её муж умер 20 января 1745 года, когда страна находилась в войне с Австрией. Мария Амалия заставила сменившего его на престоле Баварии Максимилиана заключить с Австрией мир.