В 1945 году, через несколько месяцев после занятия Болгарии советскими войсками, доктор Марков был арестован и приговорён Народным судом к смертной казни за сотрудничество с немцами[1][2]. До ареста доцент в Софийском институте судебной медицины. Причиной ареста было участие доктора Маркова в работе Международной комиссии в Катыни и его подпись, поставленная под заключительным протоколом, обвинявшим СССР в преступлении — убийстве польских офицеров. Доктор Марков заявил, что немцы вынудили его поставить подпись под этим документом. За сотрудничество с коммунистическим режимом в Болгарии смертный приговор был аннулирован и ему была предоставлена возможность продолжения профессиональной карьеры (позже он был назначен профессором)Шаблон:Нет АИ. В 1946 году СССР привлёк его во время Нюрнбергского трибунала, где он возложил вину за катынское убийство на немцев.
Позднее, в 1951 и 1952 годах американцы пытались уговорить доктора Маркова дать показания перед комиссией Конгресса США по катынскому делу, послав ему по обычной почте письмо. Марков, не имея возможности выехать из Болгарии и опасаясь за свою судьбу и судьбу своей семьи, вдобавок зная, что письмо было предварительно прочитано болгарскими службами безопасности, не имел никакого выбора и был вынужден доставить его в соответствующие органы[1].
Впоследствии испытывал трудности с продвижением по службе. Некоторые коллеги-карьеристы при каждом удобном случае обвиняли его в «двойственном поведении, недобросовестности и двуличии», ссылаясь на катынский эпизод. Марков перенёс два тяжёлых инфаркта. Летом 1967 года после бурного совещания в медицинском университете в Пловдиве он умер на обратном пути в Софию[3].