Происходил из младшей ветви влиятельной флорентийской семьи Медичи. Сын Пьеро Франческо Медичи и Лаодамии Аччайоли. В детстве потерял отца, поэтому его опекуном был троюродный брат Лоренцо Медичи. Последний помог Джованни получить хорошее образование. Со временем у Джованни Медичи возник конфликт с Лоренцо Медичи по поводу отцовского наследства первого. Этот вопрос удалось решить через несколько лет благодаря арбитражу.
Однако отношения между двумя ветвями семьи Медичи оставались напряжёнными. После смерти Лоренцо Медичи в 1492 году его сын Пьеро Медичи стал враждебно относиться к своим родственникам и, наконец, выгнал из Флоренции Джованни Медичи и его брата. Последним удалось вернуться благодаря вторжению в Италию короля Карла VIII в 1497 году. Джованни Медичи вернулся во Флоренцию, где поддержал республиканцев и открыто выступил против Пьеро Медичи. Впоследствии Джованни отказался от фамилии Медичи, изменив её на «Пополано», то есть «народный». Впрочем, ему не удалось воспользоваться этой ситуацией, поскольку он умер от подагры в Баньо-ди-Романья 14 сентября 1498 года.
.jpg){kind=link}