Дружба с августинцемМартином Лютером вызвала неудовольствие среди братии и Микониус вынужден был бежать в Цвиккау и Готу, где он активно проповедовал в духе нового учения Лютера и основал несколько протестантских школ[3]. Во время Крестьянской войны 1524—1526 гг. в Германии он сумел мирной проповедью убедить восставших не причинять вреда городу Готе, где он находился в то время[4].
Частые проповеди оказали влияние на его здоровье, и к 1540 году он практически потерял голос, после чего сосредоточился на печатных трудах.
Написал «Краткий очерк истории реформации с 1517 по 1542 год», изданный в 1727 году Cyprian’ом. Очерк этот предназначался лишь для духовных лиц города Готы; автор сдержанно и скромно повествует о пережитых им событиях. Труд этот любопытен как заявление современника Лютера. В заключение очерка Микониус характеризует сторонников и противников «Евангелия»[5][3].
Фридрих Микониус умер 7 апреля 1546 года в городе Гота.
Библиография
«Eine freundliche Ermahnung und Tröstung an alle Freunde Gottes Worts in Annaberg», Trostbrief an die Annaberger, Zwickau 1524
«Handlung und Disputation» Die Düsseldorfer Disputation, 1527
«Vorwort zu Luthers Galaterkommentar», 1535
«Der Widderteufer leere und geheimnis» des Justus Menius, Wittenberg 1530
«Wie man die Einfältigen und sonderlich die Kranken im Christentum unterrichten soll», Wittenberg 1539
«Historia Reformationis», hrsg. von E.S. Cyprian, Leipzig 1715, Neudr. hrsg. von O. Clemen, Leipzig 1915
Mitverfasser: "«Von der wohlriechenden und köstlichen Salbe», 1543.
