Моркоте впервые упоминается в 926 как Murcau, от латинскогоMorae caput — вершина холма[1]. В 1353 упоминается как Murchoe и в 1453 как Murchote[2].
В 1100 для защиты торговли на озере в городе построен замок. До постройки дамбы в Мелиде в 1847, Моркоте был крупнейшим портом на озере Лугано. В 1422 город получил привилегии от Герцога Миланского по которым Моркоте разрешалось облагать налогами, самоуправление, независимое рыболовство и право на рынки. После чумы в 1432, в городе остались только семь семей[1]. Город часто оказывался между Миланом и Комо, в борьбе за контроль над Ломбардией. В 1517 регион попал под контроль Швейцарского союза и был присоединен к фогту Лугано[2]. Тем не менее, за городом сохранились многие права: юридическая и налоговая автономия и права на рыболовство.
На протяжении Позднего Средневековья основными промыслами Моркоте было рыболовство, фермерство и транспорт. К концу Средних Веков в город начали съезжаться художники[2]. В 1583 город имел самостоятельный приход вокруг Шаблон:Не переведено 5, построенной в XIII веке.
В XIX веке основные доходы стал приносить туризм. В конце XX века — начале XXI добавились виноделие и народные промыслы[2].
