Здание построено по проекту рижского архитектора, академика архитектуры Генриха Шеля в 1875 году в стиле неоренессанса. Для нужд музея передано в 1957 году[2].
Музей был основан 1 октября1957 года и открыт для посетителей в 1961 году. Основу музея составил дар профессора Паула Страдыньша (1896—1958). Идея создать музей истории медицины появилась у профессора Страдыньша в 30-е годы XX века, когда его личная коллекция медицинских экспонатов приобрела известность среди коллег. Профессор Страдыньш вместе с единомышленниками систематически создавал коллекцию наглядных пособий для студентов-медиков и специалистов. Первоначально в коллекции музея наиболее широко были представлены хирургия и онкология — специальности самого профессора.
После кончины П. И. Страдыня его дело продолжил друг, академик Пётр Яковлевич Герке, возглавивший Учёный совет музея[3].
Филиал — Музей фармакологии был создан на основе личных коллекций историка Дависа Блюменталя и фармацевта Яниса Майзите.
Экспонаты музея
В музее насчитывается более 203 тысяч единиц хранения[4]. Собрание музея непрерывно пополняется.
