О происхождении Нефернефруатон достоверных сведений не сохранилось. Тронное имя было Анкхетхеперура, возлюбленная Ваенра (=супругом)[2]. Существует несколько версий о личности Нефернефруатон:
ею могла быть вдовствующая царица Нефертити, которая также носила атоническое имя с 5 года правления Эхнатона Нефернефруатон-Нефертити.Эхнатон сделал её соправителем, в то время как Кийа стала его главной женой[3].
принцесса Меритатон, жена фараона Сменхкара могла занимать трон между правлениями отца и мужа. На ящике из гробницы Тутанхамона имена Эхнатон, Нефернефруатон и Меритатон стоят рядом, отчего двое последних не могут оказаться одним человеком[5].
Нефернефруатон-ташерит (четвёртая дочь Эхнатона и Нефертити)[2]. Принцесса не была замужем, чтобы именоваться "возлюбленная супругом", и не имела возможности вступать в право наследования раньше старших сестёр[4].
В 2019 году Профессор Валери Ажено из Университета Квебека (Монреаль) выдвинула гипотезу, что под именем Нефернефруатон скрываются сразу две сестры — Меритатон и Нефернефруатон-ташерит[6][7].
В 1974 году Джон Харрис обнаружил в начертании женское окончание, отчего андрогинность (даже по меркам Амарнского искусства) найденных скульптурных изображений фараона Нефернефруатон в гробнице Тутанхамона (KV62) стала понятна[5].
О Нефренефруатон известно лишь, что это женщина, и она царствовала в конце правления Эхнатона.
Возможно, Нефернефруатон могла оставаться регентшей при малолетнем Тутанхамоне[5].
Ранее Нефернефруатон отождествляли со Сменхкара, так как у них совпадали тронные имена (Анххеперура). Однако точный порядок и период их правления остаётся неизвестным, как и их родственные отношения с Эхнатоном.
Dodson, Aidan and Hilton, Dyan. The Complete Royal Families of Ancient Egypt. Thames & Hudson. 2004. ISBN 0-500-05128-3
Dodson, Aidan. Amarna Sunset: Nefertiti, Tutankhamun, Ay, Horemheb, and the Egyptian Counter-Reformation. The American University in Cairo Press. 2009, ISBN 978-977-416-304-3
