Хотя учёба готовила его к церковной карьере, он в 1792 году предпочёл поменять направленность, вступив в революционную армию и став офицером, принимал активное участие в военных действиях на Сардинии и в Италии. Плохое здоровье вынудило его уйти в отставку.
В 1795 году он поселился в Ницце в качестве государственного служащего и женился на Агнессе Рамеру.
Но через 6 лет он вернулся в родной город к своей матери и братьям. Здесь он начал заниматься своими исследованиями вместе со своим старшим братом Клодом. Первым изобретением был Шаблон:Нп5 — двигатель внутреннего сгорания, с помощью которого можно было двигать лодку по Сене.
В 1816 году Ньепс начал работать над получением фотографического изображения. Изначально использовалась серебряная соль, которая чернеет при контакте с дневным светом. Ньепс смог получить негатив, однако при высвобождении серебряной соли из камеры снимок весь почернел. В дальнейшем Ньепс пытался использовать медную или известняковую пластинку, покрытую тонким слоем битума.
Впервые Жозеф Ньепс получил зафиксированное изображение около 1822 года — «Накрытый стол», которое не дошло до нас.
В 1829 году 64-летний Ньепс был болен. Он и его старший брат Клод (фр.) истратили все свои деньги, полученные по наследству, на различного рода изобретения, но ни одно не сделало их богатыми. Гелиография стала основным его занятием, и он отдал ей все свои силы.