Последний великий магистр Тевтонского орденаАльбрехт Бранденбургский (1490—1568) заступил на эту должность в 1511 году, Под влиянием идей РеформацииМартина Лютера он пожелал стать светским правителем и превратил Тевтонский Орден в 1525 году в герцогство Пруссия. Альбрехт подписал 8 апреля 1525 года в Кракове мирный договор с Польским королевством и 10 апреля 1525 года принес вассальную присягу королю Польши Сигизмунду как герцог Пруссии (1525—1568). После этого он выехал в прусскую столицу Кенигсберг и там 6 июля 1525 года одним из первых немецких князей объявил себя сторонником Реформации Лютера. Герцогство Пруссия стало лютеранским по вероисповеданию.
В герцогстве Пруссия установилась династия Гогенцоллернов, к которой принадлежал Альбрехт I. Его преемник Альбрехт II Фридрих (1568—1618) страдал слабоумием и поэтому Польша в 1577 году назначила собственных администраторов герцогства, которыми с 1603 года были курфюрсты Бранденбурга. После смерти Альбрехта II Фридриха в 1618 году курфюрсты Бранденбурга, которые тоже принадлежали к династии Гогенцоллернов, унаследовали титул прусских герцогов, однако Пруссия по-прежнему считалась вассалом Речи Посполитой.
Лишь в 1657 году, воспользовавшись тяжёлым положением Польши в войнах со Швецией, Русским царством и запорожскими казаками, Бранденбург добился подписания Велявско-Быдгощского трактата с Польшей, по которому герцогство Пруссия становилось независимым и примыкало к Бранденбургу. В 1701 году с провозглашением Королевства Пруссия состоялось окончательное объединение Пруссии и Бранденбурга.