После того, как Пфаннер выполнил эту миссию, он отправился в сегодняшнюю Боснию, чтобы основать там монастырьтраппистов. Весной 1869 года в Баня-Луке заложил основы монастыря, который был возведен в статус аббатства в 1879 году. В 1872 году стал его настоятелем.
В 1880 году вместе с группой из 31 монаха отправился в Южную Африку для проповеди Слова Божьего среди кафиров. Жил в сложных африканских условиях, пока 26 декабря 1882 года не основал монастырь Марианнхилл близ Дурбана, а 27 декабря 1885 года стал его аббатом. Там же основал конгрегацию Сестёр Драгоценной Крови, насчитывающую более 300 человек. В 1893 году ушёл в отставку и жил в миссии в Эммаусе, где оставался до самой смерти.
Франц Пфаннер считал, что духовное правило траппистов в аббатстве Марианхилл было чрезмерно строгим, и потому являлось препятствием для развития миссионерского дела в Южной Африке. Со своими единомышленниками в 1882 году создал отдельную конгрегацию с более мягким уставом — мужскую монашескую конгрегацию миссионеры из Марианхилла. Согласно Уставу конгрегация объединяла священнослужителей, приносящих монашеские обеты послушания, целомудрия и нищеты, монашествующих братьев и мирян, желавших участвовать в деятельности конгрегации.
2 февраля 1909 года Римский папа Пий X отделил монастырь Марианхилл от трапистского ордена[1] и 21 марта 1936 году Устав новой конгрегации, основанный на Правиле святого Бенедикта, был окончательно утверждён[1].
В 1981 году начался процесс беатификации Франца Пфаннера.