Русская Википедия:Список программ для работы с филогенетическими деревьями

В этом списке собрано программное обеспечение и интернет ресурсы, предназначенные для визуализации филогенетических деревьев.

Сетевые ресурсы

Название	Описание	Лицензия	Технология	Сайт
Archaeopteryx (ранее ATV)	Программа для отображения и редактирования филогенетических деревьев^[1]		Java	[1]
EvolView	Программа для визуализации, аннотации и управления филогенетическими деревьями^[2]			[2]
ETE toolkit	Окружение для визуализации дерева^[3]	Freeware	Python	[3]
Hypergeny	Просмотрщик гиперболических деревьев больших филогений		Java и JavaScript	[4]
InfoViz Tree Tools	набор утилит, поддерживающий гиперболические, space и icicle деревья		Javascript	[5]
iTOL — interactive Tree Of Life	Аннотация деревьев с различными типами данных и экспортом в различные графические форматы; с поддержкой скриптов через пакетный интефейс^[4]			[6]
TreeVector	генерирует масштабируемые интерактивные филогенетические деревья в SVG или PNG формате^[5]	GPL	Java	[7]
jsPhyloSVG	библиотека с открытым исходным кодом для отображения расширяемых и настраиваемых деревьев^[6]		JavaScript	[8]
JStree	библиотека для просмотра и редактирования деревьев	MIT	JavaScript и HTML5 canvas	[9]
OneZoom	uses IFIG (Interactive Fractal Inspired Graphs) to display phylogenetic trees which can be zoomed in on to increase detail^[7]	MIT		[10]
Phylodendron	Различные стили деревьев, ветвей и выходных форматов.		Java	[11]
PhyloExplorer	a tool to facilitate assessment and management of phylogenetic tree collections. Given an input collection of rooted trees, PhyloExplorer provides facilities for obtaining statistics describing the collection, correcting invalid taxon names, extracting taxonomically relevant parts of the collection using a dedicated query language, and identifying related trees in the TreeBASE database^[8]			[12]
Phyloviewer	Интернет среда анализа филогеномного анализа базирующаяся на Bioinformatics Portal System.	проприетарная^[9]	Java и GWT	[13]
PhyloWidget	просмотр, редактирование и публикация филогенетических деревьев, интерфейс с базами данных^[10]	GPLv2	Java и JavaScript	[14]
TRED	утилита для отображения и редактирования филогенетических деревьев. Деревья генерируются в SVG с использованием Raphael.		Javascript клиент и Python (web2py) сервер	[15]
Treedraw	Отображение филогенетических деревьев		HTML5 canvas	[16]
TreeViz	Просмотрщик деревьев с возможностью построения карт	MIT	Java	[17]
T-REX	Веб сервер для изучения, анализа и отображения деревьев (иерархический, круговой и осевой виды), обнаружения горизонтального переноса генов и отображения HGT сети^[11]			[18]

Программы

Название	Описание	Лицензия	Язык программирования	ОС	Сайт
BayesTrees	Программа предназначена для отображения, анализа и манипуляций примерами деревьев.	бесплатная	Mono	все	[19]
BioNumerics	Универсальная платформа для учёта, хранения и анализа все типов биологических данных, включая деревья и сети гипотез последовательностей данных.	EULA		Windows	[20]
Bio::Phylo	Коллекция Perl модулей для манипуляции и отображения филогенетических деревьев, Является частью набора BioPerl^[12].	perl_5	Perl	все	[21]
Dendroscope	Программа для просмотра больших филогенетических деревьев и сетей^[13].	бесплатная		все	[22]
ETE	Утилита для отображения изображений филогенетических деревьев с возможностью экспорта в PNG, PDF и SVG форматах^[3].	GPLv3^[14]	Python	все	[23]
FigTree	Современный просмотрщик деревьев с возможностями раскраски и сворачивания.	бесплатная	Java	все	[24]
Geneious	Полноценная программа для анализа последовательностей, филогенетики и молекулярного клонирования с современным просмотрщиком деревьев.	коммерческая		все	[25]
JEvTrace	Просмотрщик для группировки последовательностей, филогений и структур. Выполняет интерактивное отслеживание эволюции^[15] и прочий анализ^[16].	условно-бесплатная	Java	все	[26]
MultiDendrograms	Приложение для расчета и построения филогенетических деревьев^[17].	открытая	Java	все	[27]
NJplot	Интерактивный строитель деревьев с экспортом в PDF.	бесплатная	C	все	[28]
TreeDyn	Мощная программа для манипуляций с деревьями и комментирования, позволяющей включение мета-информации^[18].	открытая		все	[29]
TreeGraph 2	Редактор деревьев с многочисленными операциями редактирования и форматирования, включая комбинирование различных филогенетических анализов^[19].	GPLv3^[20]	Java	все	[30]
TreeView	Классическая часто цитируемая^[21] программа для отображения деревьев^[22].	бесплатная		все	[31]
UGENE	Графический интерфейс для работы с последовательностями, аннотациями, множественными выравниваниями, филогенетическими деревьями, данными секвенирования.	GPLv2^[23]	C++	все	[32]
VectorFriends	Интегрированное программное обеспечение анализа последовательностей с возможностью просмотра филогенетических деревьев.	коммерческая		Windows	[33]

Примечания

Шаблон:Примечания

Ссылки

[1] Шаблон:Статья

[2] Шаблон:Статья

[biomedcentral.com-3] 3,0 ^3,1 Шаблон:Статья

[4] Шаблон:Статья

[5] Шаблон:Статья

[6] Шаблон:Статья

[7] Шаблон:Статья

[8] Шаблон:Статья

[9] Phyloviewer license

[10] Шаблон:Статья

[11] Шаблон:Статья

[12] Шаблон:Cite doi

[13] Шаблон:Cite doi

[14] Шаблон:Cite web

[15] Шаблон:Cite web

[16] Шаблон:Статья

[17] Шаблон:Статья Шаблон:Недоступная ссылка

[18] Шаблон:Cite doi

[19] Шаблон:Cite doi

[20] Шаблон:Cite web

[21] Шаблон:Cite web

[22] Шаблон:Статья

[23] Шаблон:Cite web

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]

[23]

Партнерские ресурсы
Криптовалюты	Обмен криптовалют - www.bestchange.ru Криптовалютная биржа CoinEx Криптовалютная биржа Binance HIVE OS - операционная система для майнинга e4pool - Мультивалютный пул для майнинга.
Магазины	AliExpress — глобальная виртуальная (в Интернете) торговая площадка, предоставляющая возможность покупать товары производителей из КНР; computeruniverse.net - Интернет-магазин компьютеров(Промо код 5 Евро на первую покупку:FWWC3ZKQ);
Хостинг	DigitalOcean - американский провайдер облачных инфраструктур, с главным офисом в Нью-Йорке и с центрами обработки данных по всему миру;
Разное	Викиум - Онлайн-тренажер для мозга Like Центр - Центр поддержки и развития предпринимательства. Gamersbay - лучший магазин по бустингу для World of Warcraft. Ноотропы OmniMind N°1 - Усиливает мозговую активность. Повышает мотивацию. Улучшает память. Санкт-Петербургская школа телевидения - это федеральная сеть образовательных центров, которая имеет филиалы в 37 городах России. Lingualeo.com — интерактивный онлайн-сервис для изучения и практики английского языка в увлекательной игровой форме. Junyschool (Джунискул) – международная школа программирования и дизайна для детей и подростков от 5 до 17 лет, где ученики осваивают компьютерную грамотность, развивают алгоритмическое и креативное мышление, изучают основы программирования и компьютерной графики, создают собственные проекты: игры, сайты, программы, приложения, анимации, 3D-модели, монтируют видео. Умназия - Интерактивные онлайн-курсы и тренажеры для развития мышления детей 6-13 лет SkillBox - это один из лидеров российского рынка онлайн-образования. Среди партнеров Skillbox ведущий разработчик сервисного дизайна AIC, медиа-компания Yoola, первое и самое крупное русскоязычное аналитическое агентство Tagline, онлайн-школа дизайна и иллюстрации Bang! Bang! Education, оператор PR-рынка PACO, студия рисования Draw&Go, агентство performance-маркетинга Ingate, scrum-студия Sibirix, имидж-лаборатория Персона. «Нетология» — это университет по подготовке и дополнительному обучению специалистов в области интернет-маркетинга, управления проектами и продуктами, дизайна, Data Science и разработки. В рамках Нетологии студенты получают ценные теоретические знания от лучших экспертов Рунета, выполняют практические задания на отработку полученных навыков, общаются с экспертами и единомышленниками. Познакомиться со всеми продуктами подробнее можно на сайте https://netology.ru, линейка курсов и профессий постоянно обновляется. StudyBay Brazil – это онлайн биржа для португалоговорящих студентов и авторов! Студент получает уникальную работу любого уровня сложности и больше свободного времени, в то время как у автора появляется дополнительный заработок и бесценный опыт. Автор24 — самая большая в России площадка по написанию учебных работ: контрольные и курсовые работы, дипломы, рефераты, решение задач, отчеты по практике, а так же любой другой вид работы. Сервис сотрудничает с более 70 000 авторов. Более 1 000 000 работ уже выполнено. StudyBay – это онлайн биржа для англоязычных студентов и авторов! Студент получает уникальную работу любого уровня сложности и больше свободного времени, в то время как у автора появляется дополнительный заработок и бесценный опыт.

Русская Википедия:Список программ для работы с филогенетическими деревьями

Содержание

Сетевые ресурсы

Программы

Примечания

Ссылки

Навигация

Действия на странице

Действия на странице

Персональные инструменты

Навигация

Поиск

Инструменты