Ущелье начинается в Рутульском районе, у подножия северных склонов Главного Кавказского и южных склонов Гельмец-Ахтынского хребтов, в урочище Кябяк. До селения Хнов ущелье идёт на юг, затем сворачивает на восток, и после стыковки с Фийским ущельем на высоте 1455 м, идёт на северо-восток, оканчиваясь у долины реки Самур. После стыковки с Мазинским ущельем, дублирование Гельмец-Ахтынского хребта от Главного Кавказского переходит к Шалбуздагскому хребту.
Геология
Ущелье сложено глинистыми аспидными сланцами и песчаниками. В средней части ущелья порфириты и туфогенные сланцы. В нижней части известняки.
Климат
Климат в ущелье сухой, от альпийского в верховьях реки Ахтычай, до умеренно континентального в устье реки, у Самура. Дожди идут редко.
Значение
Ущелье Ахтычая является самым крупным ущельем в бассейне реки Самур, после ущелья (долины) самого Самура. Дорога, проходящая по ущелью является единственной связью сёл южной части Ахтынского района с остальным миром. Также, ущелье отделяет Гельмец-Ахтынский хребет от Главного Кавказского и Шалбуздагского хребтов.
Минеральные источники
В ущелье из-под земли бьют культивированные горячие серные целебные источники. Главным образом, у селений Ахты, Курукал, Ялджух и Хнов.
Ахтынский район беден лесами - лишь 0,6% его территории ими покрыто. В районе находится два относительно крупных лесных массива, один из них, Хрюгский, березово-осиновый лес, и в Ущелье Ахтычая. До высоты 3000 м ущелье покрыто тучными травами.