Утверждён решением Совета депутатов города Фрязино от 25 апреля2001 года № 49. Автор Лев Ракчеев.
Описание флага
Флаг муниципального образования «город Фрязино» представляет собой прямоугольное двустороннее красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с голубой шиповидной полосой в 1/6 ширины полотнища вдоль нижнего края, воспроизводящее композицию гербового щита муниципального образования «город Фрязино» смещённой к древку.
Флаг муниципального образования «город Фрязино» составлен на основании герба муниципального образования «город Фрязино».
Раскрытая книга — главный символ наукограда, символ познания, науки и творческого прогресса.
Электрон на орбите — электронная техника — основное направление научной и промышленной деятельности градообразующих предприятий.
Голубая шиповидная полоса — символ водной поверхности реки Любосеевки, на берегах которой возникло старинное поселение Фрязино, и Большого озера — неотъемлемой части города.
Красный цвет поля подчёркивает приоритет учёных и инженеров города по многим направлениям исследований, принёсшим славу городу.
Официальные символы Подмосковья. — Москва: Геральдический совет при Президенте РФ, Геральдическая комиссия при Губернаторе Московской области, Союз геральдистов России, 2003. — 158 с. — С. 123. ISBN 5-900971-20-1
