Академия основана во дворце Капраника (Шаблон:Lang-it) в 1666 году указом французского короля Людовика XIV. В первые годы академию возглавляли придворные художники Шарль Эррар и Ноэль Куапель. С XVII по XIX века Академия являлась вершиной обучения для избранных французских художников, выигравших престижную Римскую премию (Шаблон:Lang-fr). Победители награждались обучением в течение 3, 4, или 5 лет (в зависимости от дисциплины) в Вечном Городе для изучения искусства и архитектуры. Их называли (и называют) пенсионерами Академии (Шаблон:Lang-fr).
До 1737 года Академия размещалась во дворце Капраника, а с 1737 по 1793 года — во дворце Манчини (Шаблон:Lang-it). В 1803 году, чтобы обезопасить от возможной революции, Наполеон Бонапарт переместил Академию на Виллу Медичи. Молодым французским художникам предоставлялись возможности созерцать и копировать шедевры античности или Возрождения, отправляя плоды своего вдохновения обратно в Париж. В 1835—1840 годах академию возглавлял Ж. О. Д. Энгр.
В течение Первой мировой войны Римская премия не вручалась, а во время Второй мировой войныМуссолини отобрал виллу у французов, вынудив пенсионеров перебраться в Ниццу. Окончательно Римская премия была упразднена министром А. Мальро в 1968 году. Владение виллой Медичи парижская Академия изобразительных искусств и Институт Франции передали министерству культуры и Французской республике.
В конце XX века в традиционный круг дисциплин (живопись, скульптура, архитектура, гравировка медалей, гравировка драгоценных камней, музыкальная композиция) были введены новые: история искусства, археология, литература, драматургия, фотография, кино, видео, реставрация, письменность и даже кулинария. На обучение в Академию принимаются уже не на основе конкурса, а по заявке. Длительность обучения варьируется от 6 до 18 месяцев, реже один или два года.
