Застройка города отличалась хаотичностью. Вокруг нескольких крупных мечетей и дворцов в беспорядке громоздились грязные лачуги, построенные без какого бы то ни было плана. Пожары и эпидемии были обычным явлением. Всё это вынуждало аббасидских наместников селиться на севере города, сначала в предместье Шаблон:Iw, а при Тулунидах — в местечке Аль-Катаи.
В 969 году Фустатом овладели Фатимиды, которые перенесли резиденцию египетского наместника в центр современного Каира. Фустат продолжал оставаться многолюдным (хотя и неукреплённым) городом до 1169 года, когда его сожгли по приказу халифского визиря во избежание захвата христианскими армиями Амори Иерусалимского.
При Салах ад-Дине Фустат был восстановлен, но не как самостоятельный город, а как пригород Каира. Район египетской столицы, который вырос на месте древнего Фустата, называется Старым Каиром.
Выдающийся еврейский философ, раввин, врач Рабби Моше бен Маймон (Маймонид) (1135—1204) поселился в Фустате в 1168 году[1], где вскоре стал главой еврейской общины в Египте (нагидом), а заодно и семейным лекарем Салах ад-Дина, его визиря, и будущих правителей. Там Маймонид создал свои основные труды, «Мишне Тора»[2] и «Море Невухим»[3]
