Церковь впервые упоминается в 1475 году; она была примечательна тем, что была единственным московским храмом в честь праздника Похвалы Богородицы. В церкви находилась чудотворная иконаНиколая Чудотворца, к которой приходило много паломниковШаблон:Sfn. В старину этот храм имел ещё одно имя — «старая проща», потому что человека, получившего исцеление от иконы, называли «прощенником»Шаблон:Sfn. По иконе церковь в народе называли также «Никола в Башмачках»Шаблон:Sfn.
В 1629 году деревянная церковь сгорела и была заново выстроена в камне. Старое название этой местности «Башмаки» связано с фамилией думного дворянина, который ещё раз перестроил каменную церковь в 1705 году — Дементия БашмаковаШаблон:Sfn.
Думный дворянин и печатник Башмаков перестроил её на свои средства и на деньги, завещанные подьячим Шандиным.
Храм получил тот внешний и внутренний вид, который и сохранил до начала XX века: высокий, пятиглавый, с декором в стиле барокко и с редким шестиярусным иконостасомШаблон:Sfn.
Дементий Башмаков вместе с матерью и дочерью был похоронен на приходском кладбище этой церквиШаблон:Sfn.
Церковь Похвалы Богородицы просуществовала до 1932 года, когда была разрушена, чтобы освободить территорию для строительства Дворца Советов. Однако проект не был реализован и вместо него построили бассейн «Москва»Шаблон:Sfn.
Во время археологических раскопок на месте снесённой церкви 22 сентября 1932 года была обнаружена могильная плита с именем известного деятеля XVII века Малюты Скуратова. Надпись на ней сообщала, что здесь лежит погибший в 1573 году Малюта СкуратовШаблон:SfnШаблон:Sfn.
