Расположенный в верхней части села Дзорагюх, перед старой Эриванской крепостью на левом берегу реки Раздан, с самого начала христианской эры действовал монастырь-анапат (обитель). Это был обширный комплекс, окружённый высокой крепостной стеной, в состав которого входили церкви Святого Саркиса, святого Геворка и Акопа, здания викариата и школы, сад и другие постройки. Церковь Святого Саркиса была официальной резиденцией Патриарха, тогда как монастырь был патриаршей гостиницей. Церковь Святого Саркиса вместе с монастырём-скитом, была разрушена большим землетрясением 1679 года, но была восстановлена на том же месте во время правления Католикоса Наапета Едесаци (1691—1705)[1].
Нынешнее здание церкви было построено между 1835—1842 годами[1].
Во время правления Католикоса Вазгена I церковь подверглась основательной реконструкции. Восстановительные работы велись на основе плана, составленного архитектором Рафаэлем Исраеляном в 1972 году. При этом старое здание было в основном сохранено. Фасад был облицован оранжевым туфом из Ани и украшен треугольными нишами. После смерти Исраеляна строительные работы были продолжены его соавтором, архитектором Арцруном Галикяном[1].
В 1971—1976 годах были отреставрированы интерьеры церкви. Была устроена галерея для хора. Старый купол был заменён на новый более высокий, с многогранным веерообразным шпилем. Строительство колокольни было завершено в 2000 году[2].
Работы по восстановления церкви Сурб Саркис осуществлялись на средства армянских благотворителей Саркиса Кюркчяна и его сыновей, проживающих в Лондоне[1]. В 2009 году на крыше церкви были установлены солнечные батареи мощностью 2 КВт[3].