Отнесение микроорганизма к определённому виду происходит на основе достаточно широких признаков, например, по чувствительности к антибиотикам, способности к образованию токсинов, ферментов, способности расти на определённых питательных средах и др. Внутри вида существуют вариации относительно размера и формы колоний микроорганизма, уровню продукции ферментов, наличию плазмид, вирулентности и т. п.
В мире не существует общепризнанной номенклатуры названия штаммов, и используемые названия достаточно произвольны. Как правило, они состоят из отдельных букв и цифр, которые записываются после видового названия. Например, один из самых известных штаммов кишечной палочки — E. coli K-12.
В сообществе вирусологов отсутствует общепринятое определение терминов «штамм», «вариант» и «изолят»[3]. По одному из определений, «штаммы — вирусы, относящиеся к одному виду и отличающиеся стабильными и наследуемыми биологическими, серологическими и/или молекулярными характеристиками»[4]. Под штаммами также могут пониматься проба живого инфекционного агента, взятая у одного пациента. Генотип вируса определяется границами генетического различия ветви штаммов (5-10%).
Современная микробиология. Прокариоты. Том 1. Под редакцией Й. Ленгелера, Г. Древса, Г. Шлегеля. — М.: Мир., 2005. — 656 с. — ISBN 5-03-003707-1, 5-03-003706-1, 3-13-108411-1
.jpg){kind=link}