Русская Википедия:Bioconductor

Содержание

Текст

Текст

Текст

Текст

Текст

Текст

Текст

Текст

Текст

Bioconductor — это масштабный FLOSS-проект, предоставляющий множество отдельных пакетов для биоинформатических исследований. Включает набор инструментов для анализа и понимания геномных данных, аннотированные имена чипов, аннотации биологических последовательностей и т. д., а также сами экспериментальные данные.

Использует язык программирования R, благодаря чему поддерживает кросплатформенность (Linux, большинство UNIX-подобных систем, Mac OS X, Windows). Разрабатывается и распространяется свободно и открыто. Выпуск релизов происходит дважды в год. Обладает активным свободным сообществом разработчиков и учёных, что свойственно хорошим открытым проектам. Описания проекта и изменений в нём выпускаются в виде ежегодного отчёта.

На данный момент содержит более 2000 пакетов.

Цели проекта

Основными целями Bioconductor’а являются:

• Обеспечение открытого доступа к широкому кругу мощных статистических и графических методов анализа геномных данных.
• Облегчение включения биологических метаданных в анализ геномных данных, например, литературных данных с PubMed, аннотированных данных с Entrez.
• Обеспечение общей программной платформы, которая позволяет быстро разрабатывать и развёртывать расширяемые, масштабируемые и совместимые программы.
• Дальнейшее научное понимание при создании высококачественной документации для воспроизводимых исследований.
• Обучение исследователей вычислительным и статистическим методам анализа геномных данных.

История проекта

Начало проекта было положено в 2001-м году в Dana Farber Cancer Institute.

Пакеты

Три основных группы пакетов — это собственно статистические и графические пакеты (Software), аннотационные пакеты (AnnotationData) и экспериментальные данные (ExperimentData).

В скобках указано количество пакетов в группе. Шаблон:Начало скрытого блока Шаблон:Начало скрытого блока

• aCGH (12)
• CellBasedAssays (38)
• ChIPchip (7)
• CopyNumberVariation (43)
• CpGIsland (6)
• DNAMethylation (38)
• ExonArray (6)
• GeneExpression (131)
• GeneticVariability (23)
• SNP (40)
• Transcription (47)

• AlternativeSplicing (7)
• Coverage (13)
• DifferentialExpression (164)
• DifferentialMethylation (8)
• DifferentialPeakCalling (1)
• DifferentialSplicing (6)
• FunctionalPrediction (1)
• GeneRegulation (21)
• GeneSetEnrichment (41)
• GeneTarget (1)
• GenomeAnnotation (10)
• GenomicVariation (6)
• LinkageDisequilibrium (1)
• MotifAnnotation (3)
• MotifDiscovery (4)
• NetworkEnrichment (13)
• NetworkInference (17)
• SequenceMatching (17)
• SomaticMutation (4)
• VariantDetection (1)

• DataImport (82)
• DataRepresentation (34)
• GUI (19)
• ThirdPartyClient (9)

• BiomedicalInformatics (2)
• CellBiology (20)
• Cheminformatics (3)
• FunctionalGenomics (1)
• Genetics (96)
• Metabolomics (12)
• Metagenomics (5)
• Proteomics (65)
• SystemsBiology (10)

• Bayesian (15)
• Classification (65)
• Clustering (89)
• DecisionTree (7)
• DimensionReduction (2)
• FeatureExtraction (2)
• GraphAndNetwork (69)
• HiddenMarkovModel (4)
• NeuralNetwork (1)
• PrincipalComponent (2)
• Regression (7)
• StructuralEquationModels (1)
• SupportVectorMachine (1)
• Survival (4)
• TimeCourse (29)

• FlowCytometry (36)

• ChipOnChip (1)
• MethylationArray (7)
• mRNAMicroarray (3)
• MultiChannel (3)
• OneChannel (68)
• ProprietaryPlatforms (2)
• TwoChannel (53)

• MicrotitrePlateAssay (13)
• qPCR (9)
• SAGE (9)

• ChIPSeq (40)
• DNASeq (6)
• ExomeSeq (3)
• MethylSeq (10)
• Microbiome (3)
• miRNA (4)
• RIPSeq (1)
• RNASeq (76)
• TargetedResequencing (2)
• WholeGenome (3)

• Alignment (8)
• Annotation (67)
• BatchEffect (5)
• ExperimentalDesign (2)
• MultipleComparison (76)
• Normalization (15)

• GO (33)

• Preprocessing (128)
• QualityControl (95)
• ReportWriting (25)

• Network (44)

• AffymetrixChip (336)
• AgilentChip (15)
• IlluminaChip (19)
• INDACChip (1)
• QiagenChip (1)
• RNG_MRCChip (2)

Шаблон:Конец скрытого блока
Шаблон:Начало скрытого блока

• adme16cod (1)
• ag (3)
• ath1121501 (3)
• celegans (3)
• drosgenome1 (3)
• drosophila2 (3)
• h10kcod (1)
• h20kcod (1)
• hcg110 (3)
• hgfocus (3)
• hgu133a (4)
• hgu133a2 (4)
• hgu133b (3)
• hgu133plus2 (4)
• hgu95a (3)
• hgu95av2 (4)
• hgu95b (3)
• hgu95c (3)
• hgu95d (3)
• hgu95e (3)
• hguatlas13k (1)
• hgug4100a (1)
• hgug4101a (1)
• hgug4110b (1)
• hgug4111a (1)
• hgug4112a (1)
• hguqiagenv3 (1)
• hi16cod (1)
• hs25kresogen (1)
• hu35ksuba (3)
• hu35ksubb (3)
• hu35ksubc (3)
• hu35ksubd (3)
• hu6800 (3)
• HuO22 (1)
• hwgcod (1)
• illuminaHumanv1 (1)
• illuminaHumanv2 (1)
• illuminaMousev1 (1)
• illuminaMousev1p1 (1)
• illuminaRatv1 (1)
• indac (1)
• m10kcod (1)
• m20kcod (1)
• mgu74a (3)
• mgu74av2 (3)
• mgu74b (3)
• mgu74bv2 (3)
• mgu74c (3)
• mgu74cv2 (3)
• mguatlas5k (1)
• mgug4121a (1)
• mgug4122a (1)
• mi16cod (1)
• mm24kresogen (1)
• moe430a (3)
• moe430b (3)
• mouse4302 (4)
• mouse430a2 (4)
• mpedbarray (1)
• mu11ksuba (3)
• mu11ksubb (3)
• Mu15v1 (1)
• mu19ksuba (2)
• mu19ksubb (2)
• mu19ksubc (2)
• Mu22v3 (1)
• mwgcod (1)
• Norway981 (1)
• OperonHumanV3 (1)
• PartheenMetaData (1)
• pedbarrayv10 (1)
• pedbarrayv9 (1)
• r10kcod (1)
• rae230a (3)
• rae230b (3)
• rat2302 (3)
• rgu34a (3)
• rgu34b (3)
• rgu34c (3)
• rgug4130a (1)
• ri16cod (1)
• rnu34 (3)
• Roberts2005Annotation (1)
• rtu34 (3)
• rwgcod (1)
• SHDZ (1)
• u133x3p (3)
• xenopuslaevis (2)
• yeast2 (3)
• ygs98 (4)
• zebrafish (3)

Шаблон:Конец скрытого блока

• CustomArray (2)

Шаблон:Начало скрытого блока

• GACustomCDF (16)

Шаблон:Конец скрытого блока
Шаблон:Начало скрытого блока 

• GeneCardsCustomSchema (8)

Шаблон:Конец скрытого блока

• FunctionalAnnotation (13)

Шаблон:Начало скрытого блока 

• Anopheles_gambiae (4)
• Apis_mellifera (3)
• Arabidopsis_thaliana (12)
• Bacillus_subtilis (2)
• Bos_taurus (11)
• Caenorhabditis_elegans (10)
• Canis_familiaris (12)
• Danio_rerio (12)
• Drosophila_melanogaster (15)
• Escherichia_coli (12)
• Gallus_gallus (9)
• Gasterosteus_aculeatus (2)
• Homo_sapiens (201)
• Hordeum_vulgare (2)
• Macaca_mulatta (7)
• Mus_musculus (103)
• Oryza_sativa (1)
• Pan_troglodytes (6)
• Plasmodium_falciparum (4)
• Pseudomonas_aeruginosa (2)
• Rattus_norvegicus (65)
• Saccharomyces_cerevisiae (18)
• Saccharum_officinarum (2)
• Staphylococcus_aureus (2)
• Sus_scrofa (7)
• Taeniopygia_guttata (2)
• Vitis_vinifera (2)
• Xenopus_laevis (3)
• Xenopus_tropicalis (1)
• Zea_mays (2)

Шаблон:Конец скрытого блока
Шаблон:Начало скрытого блока

• BSgenome (69)
• cdf (126)
• ChipDb (155)
• db0 (19)
• InparanoidDb (8)
• MeSHDb (3)
• OrganismDb (3)
• OrgDb (19)
• probe (104)
• SNPlocs (1)
• TxDb (17)

Шаблон:Конец скрытого блока
Шаблон:Начало скрытого блока

• miRNA (3)

Шаблон:Конец скрытого блока

• Breast (2)
• Colon (2)
• Kidney (1)
• Leukemia (6)
• Lung (1)
• Ovarian (1)

• ChIPchipData (1)
• ChIPseqData (4)
• EColiData (1)
• ExpressionData (4)
• HapMap (7)
• HighThroughputSequencingData (9)
• HIV (1)
• MassSpectrometryData (7)
• NormalTissue (3)
• RNAExpressionData (16)
• RNAseqData (19)
• StemCells (1)
• Yeast (10)

Релизы

Релизы выходят два раза в год — весной и осенью. Каждый новый релиз в качестве зависимости требует последнюю версию дистрибутива R.

Версия	Дата релиза	Количество пакетов (в разделе «Software»)	Зависимость
1.0	1 мая 2001	15	R 1.5
1.1	19 ноя 2002	20	R 1.6
1.2	29 мая 2003	30	R 1.7
1.3	30 окт 2003	49	R 1.8
1.4	17 мая 2004	81	R 1.9
1.5	25 окт 2004	100	R 2.0
1.6	18 мая 2005	123	R 2.1
1.7	14 окт 2005	141	R 2.2
1.8	27 апр 2006	172	R 2.3
1.9	4 окт 2006	188	R 2.4
2.0	26 апр 2007	214	R 2.5
2.1	8 окт 2007	233	R 2.6
2.2	1 мая 2008	260	R 2.7
2.3	22 окт 2008	294	R 2.8
2.4	21 апр 2009	320	R 2.9
2.5	28 окт 2009	352	R 2.10
2.6	23 апр 2010	389	R 2.11
2.7	18 окт 2010	418	R 2.12
2.8	14 апр 2011	466	R 2.13
2.9	1 ноя 2011	517	R 2.14
2.10	2 ноя 2012	554	R 2.15
2.11	3 окт 2012	610	R 2.15
2.12	4 апр 2013	671	R 3.0
2.13	15 окт 2013	749	R 3.0
2.14	14 апр 2014	824	R 3.1
3.0	14 окт 2014	934	R 3.1

См. также

• R
• Биоинформатика
• Вычислительная биология
• Вычислительные методы
• Свободное и открытое программное обеспечение
• ДНК-микрочип
• Список открытого ПО по биоинформатике
• Список ПО для выравнивания последовательностей
• Affymetrix — американская компания, производящая ДНК-микрочипы

Ссылки

Официальный сайт — http://www.bioconductor.org/