PSI Protein Classifier — компьютерная программа, позволяющая обобщать результаты как последовательных, так и независимых итераций программы PSI-BLAST. Программа определяет принадлежность найденных blast'ом белков ранее известным семействам и разбивает оставшиеся белки на группы. Она позволяет количественно (числом итераций) оценить уровень родства между различными семействами белков-гомологов.
Формат анализируемых файлов
PSI Protein Classifier использует файлы, генерируемые на сайте NCBI программой PSI-BLAST. При запуске скрининга базы данных аминокислотных последовательностей с помощью PSI-BLAST надо последовательность белка, используемую в качестве запроса (query), вводить в FASTA-формате и присваивать ей бинарное имя, разделённое дефисом. При этом первая часть имени должна быть обозначением семейства, к которому она относится. Необходимо последовательно (после каждой итерации) сохранять, используя режим «Use old BLAST report format», web-страницы с результатами работы программы PSI-BLAST в виде текстовых (.txt) файлов в папке PSI-Blast (эти файлы именуются «blast-файлами»).
В качестве вспомогательных файлов PSI Protein Classifier использует файлы со списками семейств. Наличие таких файлов не является обязательным. Файлы этого типа являются текстовыми (.txt) и помещаются в папку FamilyName (эти файлы именуются «family-файлами»). В первой строчке каждого из этих файлов указывается имя семейства, при этом ему предшествуют любые два слова, а за ним идёт как минимум ещё одно. В последующих строчках указываются номера белков (GenPept accession number), относящихся к данному семейству — по одному на строчку. Важно, чтобы каждый номер содержал указание версии белка, то есть последней цифре номера предшествовала точка. Программа может также использовать в качестве family-файлов готовые списки семейств из базы данных CAZy, сохранённые в виде текстовых (.txt) файлов. Следует отметить, что база данных CAZy охватывает семейства гликозил-гидролаз и целого ряда других ферментов, действующих на углеводы и их производные.
Ссылки
PSI Protein Classifier
Шаблон:Software-stub
| Партнерские ресурсы |
|---|
| Криптовалюты |
|
|---|
| Магазины |
|
|---|
| Хостинг |
|
|---|
| Разное |
- Викиум - Онлайн-тренажер для мозга
- Like Центр - Центр поддержки и развития предпринимательства.
- Gamersbay - лучший магазин по бустингу для World of Warcraft.
- Ноотропы OmniMind N°1 - Усиливает мозговую активность. Повышает мотивацию. Улучшает память.
- Санкт-Петербургская школа телевидения - это федеральная сеть образовательных центров, которая имеет филиалы в 37 городах России.
- Lingualeo.com — интерактивный онлайн-сервис для изучения и практики английского языка в увлекательной игровой форме.
- Junyschool (Джунискул) – международная школа программирования и дизайна для детей и подростков от 5 до 17 лет, где ученики осваивают компьютерную грамотность, развивают алгоритмическое и креативное мышление, изучают основы программирования и компьютерной графики, создают собственные проекты: игры, сайты, программы, приложения, анимации, 3D-модели, монтируют видео.
- Умназия - Интерактивные онлайн-курсы и тренажеры для развития мышления детей 6-13 лет
- SkillBox - это один из лидеров российского рынка онлайн-образования. Среди партнеров Skillbox ведущий разработчик сервисного дизайна AIC, медиа-компания Yoola, первое и самое крупное русскоязычное аналитическое агентство Tagline, онлайн-школа дизайна и иллюстрации Bang! Bang! Education, оператор PR-рынка PACO, студия рисования Draw&Go, агентство performance-маркетинга Ingate, scrum-студия Sibirix, имидж-лаборатория Персона.
- «Нетология» — это университет по подготовке и дополнительному обучению специалистов в области интернет-маркетинга, управления проектами и продуктами, дизайна, Data Science и разработки. В рамках Нетологии студенты получают ценные теоретические знания от лучших экспертов Рунета, выполняют практические задания на отработку полученных навыков, общаются с экспертами и единомышленниками. Познакомиться со всеми продуктами подробнее можно на сайте https://netology.ru, линейка курсов и профессий постоянно обновляется.
- StudyBay Brazil – это онлайн биржа для португалоговорящих студентов и авторов! Студент получает уникальную работу любого уровня сложности и больше свободного времени, в то время как у автора появляется дополнительный заработок и бесценный опыт.
- Автор24 — самая большая в России площадка по написанию учебных работ: контрольные и курсовые работы, дипломы, рефераты, решение задач, отчеты по практике, а так же любой другой вид работы. Сервис сотрудничает с более 70 000 авторов. Более 1 000 000 работ уже выполнено.
- StudyBay – это онлайн биржа для англоязычных студентов и авторов! Студент получает уникальную работу любого уровня сложности и больше свободного времени, в то время как у автора появляется дополнительный заработок и бесценный опыт.
|
|---|
