Русская Википедия:Protein Data Bank
Protein Data Bank, PDB — банк данных трёхмерных структур белков и нуклеиновых кислот. Информация, полученная методами рентгеновской кристаллографии или ЯМР-спектроскопии, и, всё чаще, методом криоэлектронной микроскопии вносится в базу данных биологами и биохимиками со всего мира, и доступна бесплатно через интернет сайты организаций-членов (PDBe[1], PDBj[2], RCSB[3]).
PDB является одним из важнейших ресурсов для учёных, работающих в области структурной биологии. Большинство научных журналов и некоторые фонды финансирования исследований, например, NIH в США требуют от авторов статей и получателей грантов, чтобы все структурные данные были размещены в PDB. Protein Data Bank содержит в основном первичные данные о структуре биологических молекул, в то время как существуют сотни других банков данных, категоризирующих первичные данные или выявляющие закономерности между строением молекул и эволюционным родством.[4]
История
Protein Data Bank был создан обычными учёными.[4] В 1971 году Уолтер Хэмилтон (Шаблон:Lang-en) в Национальной лаборатории Брукхавена создал банк данных для Брукхавена. После смерти Хэмилтона в 1973 году PDB управлял Том Кэцтл (Шаблон:Lang-en). В январе 1994 года главой Protein Data Bank стал Джол Суссман (Шаблон:Lang-en).
В октябре 1998 года[5] Protein Data Bank был перенесён в Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB); перенос информации был закончен в июне 1999 года. Новым директором стала Хелен Берман (Шаблон:Lang-en) из Университета Рутгерса.[6] В 2003 году, после образования wwPDB (Шаблон:Lang-en), Protein Data Bank стал международной организацией. Помимо RCSB, основателями wwPDB являются Protein Data Bank in Europe (PDBe), Protein Data Bank in Japan (PDBj) и Bilogical Margnetic Resonance Bank (BMRB).
База данных
База данных Protein Data Bank обновляется еженедельно (в 0:00 часов по всемирному координированному времени, UTC, по средам). По состоянию на 14 марта 2017 года база данных содержит[7]:
| Метод исследования |
Белки | Нуклеиновые кислоты | Комплексы белков и нуклеиновых кислот |
Другое | Всего |
|---|---|---|---|---|---|
| Дифракция рентгеновских лучей | 106595 | 1820 | 5471 | 4 | 113890 |
| ЯМР | 10296 | 1190 | 241 | 8 | 11735 |
| Электронная микроскопия | 1021 | 30 | 367 | 0 | 1418 |
| Смешанный | 99 | 3 | 2 | 1 | 105 |
| Другое | 181 | 4 | 6 | 13 | 204 |
| Всего: | 118192 | 3047 | 6087 | 26 | 127352 |
- Шаблон:Num структуры в PDB содержат файл со структурным фактором
- Шаблон:Num структуры имеют файл ЯМР с геометрическими ограничениями
- Шаблон:Num структур имеют файл ЯМР, содержащий экспериментально определённые химические сдвиги
- Шаблон:Num структур имеют файл с 3DEM-картой
Преобладающая часть структур получена при помощи метода диффракции рентгеновских лучей, около 15 % — при помощи ЯМР белков, и лишь малая часть — при помощи крио-электронной микроскопии.
Некоторое время количество структур в PDB росло экспоненциально, но с 2007 года прирост несколько пригас.
Каждая структура, опубликованная в PDB получает четырёхзначный идентификатор (комбинация цифр и букв латинского алфавита). Данный шифр не может служить идентификатором биомолекул, так как часто разные структуры одной и той же молекулы, например, в различной среде, могут иметь различные PDB ID.
Программное обеспечение
Структуры могут быть просмотрены при помощи нескольких компьютерных программ (как бесплатных и распространяющихся по лицензии open source, так и платных, распространяющихся не с открытым кодом) и плагинов к веб-браузерам.[8]
- Программа QuteMol позволяет открывать и просматривать файлы с расширением *.pdb и *.vdb
Примечания
Ссылки
- The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) — основной сайт международного банка данных белков
